เมื่ออาชิกางะ ทากาอูจิ (ญี่ปุ่น: 足利 尊氏 โรมาจิ: Ashikaga Takauji ) ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นเซอิไทโชกุน (ญี่ปุ่น: 征夷大将軍 โรมาจิ: Seii Taishōgun ) เป็นจุดเริ่มต้นของรัฐบาลโชกุนฯ หรือ บากูฟุ โดยที่โชกุนนั้นมาจากตระกูลอาชิกางะ ซึ่งอ้างสิทธิ์ในตำแหน่งโชกุนผ่านการสืบเชื้อสายจากตระกูลเซวะเก็นจิ (ญี่ปุ่น: 清和源氏 โรมาจิ: Seiwa Genji ) ในช่วงสิบปีแรกของรัฐบาลโชกุนประเทศญี่ปุ่นยังคงตกอยู่ในช่วงสงครามระหว่างพระราชวงศ์ฝ่ายเหนือและฝ่าย ในยุคราชวงศ์เหนือใต้ (ญี่ปุ่น: 南北朝 โรมาจิ: Nanboku-chō) มีการแบ่งอำนาจกับระหว่างปฐมโชกุนทากาอูจิและน้องชายคือ อาชิกางะ ทาดาโยชิ (ญี่ปุ่น: 足利 直義 โรมาจิ: Ashikaga Tadayoshi) โดยที่โชกุนทากาอูจิดูแลเรื่องการทหารและการสงคราม ในขณะที่ทาดาโยชิน้องชายดูแลเรื่องการบริหาร สองพี่น้องตระกูลอาชิกางะปกครองญี่ปุ่นร่วมกันเป็นเวลาประมาณสิบปีจนกระทั่งสงครามปีคันโน (ญี่ปุ่น: 観応の擾乱 โรมาจิ: Kannō no shōran) โชกุนมะกะอุจิได้สร้างตำแหน่งชิตสึจิ (ญี่ปุ่น: 執事 โรมาจิ: Shitsuji) หรือผู้สำเร็จราชการแทนโชกุนขึ้นมาแทนที่ทาดาโยชิผู้เป็นน้องชาย ทำหน้าที่ในด้านการบริหารแทนโชกุน

ใน ค.ศ. 1362 โชกุนคนต่อมา อาชิกางะ โยชิอากิระ จัดตั้งตำแหน่ง คันเร (ญี่ปุ่น: 管領 โรมาจิ: Kanrei) เป็นผู้สำเร็จราชการแทนโชกุนแทนที่ชิตสึจิ โดยเพื่อป้องกันไม่ให้ตระกูลใหญ่ตระกูลเดียวมีอำนาจดังที่เป็นในยุคคามากูระ ผู้ดำรงตำแหน่งคันเรจึงเวียนมาจากสามตระกูลใหญ่เรียกว่า ซังกันเร (ญี่ปุ่น: 三管領 โรมาจิ: Sankanrei) ได้แก่ โฮโซกาวะ (ญี่ปุ่น: 細川 โรมาจิ: Hosokawa) ฮาตาเกยามะ (ญี่ปุ่น: 畠山 โรมาจิ: Hatakeyama) และชิบะ (ญี่ปุ่น: 志波 โรมาจิ: Shiba) อำนาจของคันเรมีแตกต่างกันไปในแต่ละยุคสมัย ในสมัยของโชกุนอาชิกางะ โยชิมิตสึ (ญี่ปุ่น: 足利 義満 โรมาจิ: Ashikaga Yoshimitsu) ซึ่งขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนด้วยอายุเพียงเก้าปี คันเรโฮโซกาวะ โยริยูกิ (ญี่ปุ่น: 細川 頼之 โรมาจิ: Hosokawa Yoriyuki) จึงเป็นผู้ปกครองรัฐบาลโชกุนในทางพฤตินัย เมื่อโชกุนโยชิมิตสึเติบโตมีอำนาจเต็มแล้ว อำนาจของคันเรจึงลดลง หลังจากสงครามปีโอนิง (ญี่ปุ่น: 応仁の乱 โรมาจิ: Ōnin no Ran) อำนาจของสถาบันโชกุนลดลงมาก คันเรจึงขึ้นมามีอำนาจเหนือโชกุนสามารถปลดเปลี่ยนและตั้งโชกุนใหม่ได้ตามต้องการ

รายนามโชกุน

1. อาชิกางะ ทากาอูจิ, ปี 1338–1358
2. อาชิกางะ โยชิอากิระ, ปี 1359–1368
3. อาชิกางะ โยชิมิตสึ, ปี 1368–1394
4. อาชิกางะ โยชิโมชิ, ปี 1395–1423
5. อาชิกางะ โยชิกาซุ, ปี 1423–1425
6. อาชิกางะ โยชิโนริ, ปี 1429–1441
7. อาชิกางะ โยชิกัตสึ, ปี 1442–1443
8. อาชิกางะ โยชิมาซะ, ปี 1449–1473[1]
9. อาชิกางะ โยชิฮิซะ, ปี 1474–1489[1]
10. อาชิกางะ โยชิตาเนะ, ปี 1490–1493, 1508–1521[2]
11. อาชิกางะ โยชิซุมิ, ปี 1494–1508[2]
12. อาชิกางะ โยชิฮารุ, ปี 1521–1546
13. อาชิกางะ โยชิเตรุ, ปี 1546–1565
14. อาชิกางะ โยชิฮิเดะ, ปี 1568
15. อาชิกางะ โยชิอากิ, ปี 1568–1573