สาขารองของราชวงศ์ฮาพส์บวร์คได้ปกครองแกรนด์ดัชชีตอสคานา ตั้งแต่ ค.ศ. 1765 ถึง 1801 และอีกครั้งจาก ค.ศ. 1814 ถึง 1859 ระหว่างที่ถูกขับไล่จากตอสคานา เชื้อพระวงศ์ของสาขารองนี้ได้ปกครองซัลทซ์บวร์คตั้งแต่ ค.ศ. 1803 ถึง 1805 และแกรนด์ดัชชีเวือทซ์บวร์ค ตั้งแต่ ค.ศ. 1805 ถึง 1814 อีกสาขาหนึ่งได้ปกครองดัชชีโมเดนา ตั้งแต่ ค.ศ. 1814 ถึง 1859 จักรพรรดิมารี หลุยส์ มเหสีพระองค์ที่สองในจักรพรรดินโปเลียนที่ 1 และพระราชธิดาในจักรพรรดิฟรันทซ์ที่ 1 แห่งออสเตรีย ทรงปกครองดัชชีปาร์มา ระหว่าง ค.ศ. 1814 ถึง 1847 นอกจากนี้ ประเทศเม็กซิโกยังเคยอยู่ภายใต้การปกครองของราชวงศ์ฮาพส์บวร์คระหว่าง ค.ศ. 1863 ถึง 1867 โดยมีจักรพรรดิมัคซีมีลีอานที่ 1 พระราชอนุชาในจักรพรรดิฟรันทซ์ โยเซ็ฟที่ 1 แห่งออสเตรีย เป็นพระประมุข