มีปัจจัยหลายประการที่มีส่วนกำหนดความลึกของร่องลึกก้นสมุทร ปัจจัยที่สำคัญที่สุดคือปริมาณของตะกอนที่จะเข้าไปสะสมตัวอยู่ในร่องลึกจนอาจไม่แสดงลักษณะพื้นผิวที่แท้จริงของร่องลึกนั้น ดังนั้นจึงไม่ต้องสงสัยเลยว่าร่องลึกก้นสมุทรที่ลึกมากๆ (ลึกมากกว่า 8000 เมตร) เป็นร่องลึกก้นสมุทรที่ไม่มีการสะสมตัวของตะกอน ในทางตรงกันข้ามร่องลึกก้นสมุทรที่มีการสะสมตัวของตะกอนรูปลิ่มแบบปริซึมจะตื้นกว่า 8000 เมตร ปัจจัยที่สำคัญรองลงมาที่ควบคุมความลึกของร่องลึกก้นสมุทรก็คืออายุของแผ่นธรณีภาคชั้นนอกในช่วงเวลาที่กำลังมีการมุดตัว เพราะว่าแผ่นเปลือกโลกพื้นมหาสมุทรมีการเย็นตัวลงและหนาขึ้นตามอายุของมัน อายุของพื้นมหาสมุทรยิ่งแก่ก็จะยิ่งอยู่ที่ระดับลึกและพื้นท้องทะเลที่ตื้นที่สุดจะอยู่ที่จุดที่พื้นท้องทะเลเริ่มเคลื่อนที่ลงต่ำ จากการเปรียบเทียบที่เด่นชัดนี้สามารถสังเกตได้ที่ระดับความลึกเปรียบเทียบที่ลึกแตกต่างกันของพื้นมหาสมุทรในบริเวณกว้างๆ และความลึกที่ร่องลึกก้นสมุทรจะมากที่สุด ความลึกเปรียบเทียบอาจถูกควบคุมโดยอายุของธรณีภาคชั้นนอกที่ร่องลึกก้นสมุทร อัตราการลู่เข้าหากัน และมุมเอียงเทของการมุดตัวที่ระดับความลึกที่ส่วนกลางของความลึกทั้งหมดของร่องลึกก้นสมุทร ปัจจัยสุดท้ายคือแผ่นเปลือกโลกที่แคบๆสามารถจมตัวลงไปและม้วนตัวกลับได้อย่างรวดเร็วกว่าแผ่นเปลือกโลกที่มีขนาดกว้างกว่า เพราะว่าเป็นการง่ายกว่าที่ฐานธรณีภาคที่วางตัวอยู่ด้านล่างจะไหลไปรอบๆขอบของแผ่นเปลือกโลกที่กำลังจมตัวลงไป บางแผ่นเปลือกโลกอาจมีมุมเอียงเทของการมุดตัวที่ชันในช่วงตื้นๆและอาจจะเกิดสัมพันธ์กับร่องลึกก้นสมุทรที่มีความลึกผิดปรกติได้อย่างเช่นร่องลึกชาลเลนเจอร์