ยุคแรกของลัทธิขงจื่อสมัยใหม่ (2464-2492) เป็นเพื่อการตอบสนองต่อขบวนการเคลื่อนไหวสี่พฤษภาคม และมีท่าทีต่อต้านลัทธิขงจื่อ ลัทธิขงจื่อถูกโจมตีว่าไม่เป็นวิทยาศาสตร์และขัดต่อความก้าวหน้าของจีนสมัยใหม่ สิ่งหนึ่งที่น่าสังเกตในช่วงเวลานี้คือ สยฺงฉือลี่ ผู้ซึ่งศึกษาพระพุทธศาสนาอย่างลึกซึ้งในช่วงเยาว์วัย แต่่ต่อมาเขาก็ได้คิดค้นระบบการปฏิรูปกรอบความคิดเดิมของลัทธิขงจื่อ เขาได้รับอิทธิพลแนวคิดจากสำนักหวางหยางหมิง เขาได้พัฒนาระบบอภิปรัชญาขึ้นมาสำหรับขบวนการขงจื่อสมัยใหม่และเชื่อว่าการเรียนอารยธรรมจีนนั้นเหนือกว่าการเรียนอารยธรรมตะวันตก อีกประการหนึ่ง เฝิงโหย่วหลานได้ศึกษาแนวคิดสำนักขงจื่อใหม่ของจูซี และเขาพยายามฟื้นฟูปรัชญาจีนบนพื้นฐานของปรัชญาตะวันตกสมัยใหม่

เมื่อจีนเริ่มต้นการปกครองในระบอบคอมมิวนิสต์ในปี ค.ศ.1949 ผู้นำกลุ่มปัญญาชนหลายคนเดินทางออกจากแผ่นดินใหญ่ไปยังไต้หวัน ฮ่องกงและสหรัฐอเมริกา บุคคลสำคัญในรุ่นที่สองนี้ (ค.ศ.1950-1979) ได้แก่ ถังจวินอี้ (唐君毅) โหมวจงซาน (牟宗三) และ สวีฟู่กวาน (徐复观) ทั้งสามท่านนี้ล้วนเป็นลูกศิษย์ของ สยฺงฉือลี่ (熊十力) โดยเฉพาะโหมวจงซานซึ่งมีความเชี่ยวชาญในด้านปรัชญาจีนโบราณและได้โต้แย้งว่าแนวคิดของค้านท์มีแนวโน้มเป็นลัทธิขงจื่อแห่งโลกตะวันตก ทั้งสามท่านนี้และจางจวฺินม่าย (Carsun Chang) ได้ตีพิมพ์ประกาศลัทธิขงจื่อสมัยใหม่ ในปี 1958 ซึ่งได้รวบรวมความเชื่อและภาพวาดที่น่าสนใจเกี่ยวกับการเคลื่อนไหวทางปรัชญา

ในช่วงไม่กี่ทศวรรษที่ผ่านมา ผู้แทนแกนนำขบวนการขงจื่อสมัยใหม่นอกประเทศจีนเป็นลูกศิษย์ของโหมวจงซาน ตู้เว่ยหมิง ผู้ซึ่งเป็นหนึ่งในนักปรัชญาขงจื่อสมัยใหม่ที่โดดเด่นที่สุด ได้สนับสนุนแนวคิดที่ว่าลัทธิขงจื่อแบ่งออกเป็น 3 ยุค ได้แก่ : ลัทธิขงจื่อดั้งเดิมยุคก่อนฮั่น ลัทธิขงจื่อใหม่ยุคซ่ง-หมิง และลัทธิขงจื่อสมัยใหม่ นักปรัชญารุ่นที่สามนี้ได้นำรากฐานของลัทธิขงจื่อมาใช้เป็นเครื่องมือในบริบทนอกเอเชีย ซึ่งเห็นได้จาก ลัทธิขงจื่อแบบบอสตัน(Boston Confucianism) และนักปรัชญาขงจื่อตะวันตกท่านอื่น ๆ ได้แก่ วิลเลียม ทีโอดอร์ เดอ แบรี่ (Wm. Theodore de Bary) [2]