วงศ์ปลาหมอสีจำแนกย่อยเป็นอย่างน้อย 221 สกุล ตัวอย่างสกุลปลาหมอสีที่มีความสำคัญหรือเป็นที่รู้จักแพร่หลาย ได้แก่

• Aequidens เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอริวูเลตัส (Aequidens rivulatus)
• Amphilophus เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอฟลามิงโก้ (Amphilophus citrinellus)
• Apistogramma เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอแคระคาเคทอย (Apistogramma cacatuoides)
• Archocentrus เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอม้าลาย (Archocentrus nigrofasciatus)
• Aulonocara เป็นปลาตู้สวยงาม ปลาในสกุลนี้เรียกว่า ปลาหมอมาลาวี
• Astronotus เป็นปลาตู้สวยงาม ปลาในสกุลนี้เรียกว่า ปลาออสการ์ (Astronotus ocellatus)
• Cichla เป็นที่นิยมของนักตกปลา เช่น ปลาหมอออสเซลาริส (Cichla ocellaris)
• Cichlasoma เดิมเป็นสกุลใหญ่ ชนิดส่วนใหญ่ที่เคยในสกุลนี้ ถูกย้ายออกไปอยู่ตามสกุลอื่นๆ
• Cyphotilapia เป็นปลาตู้สวยงาม ปลาในสกุลนี้เรียกว่า ปลาหมอฟรอนโตซ่า (Cyphotilapia frontosa)
• Geophagus เป็นปลาตู้สวยงาม
• Herichthys เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอเท็กซัส (Herichthys cyanoguttatus และ H. carpintis)
• Heros เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอเซวารุ่ม (Heros severus)
• Hypselecara เป็นปลาตู้สวยงาม ปลาในสกุลนี้เรียกว่า ปลาหมอช็อคโกแลต
• Labidochromis เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอกล้วยหอม (Labidochromis caeruleus)
• Melanochromis เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอแตงไทย (Melanochromis auratus)
• Neolamprologus เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอแซงแซว (Neolamprologus brichardi)
• Nimbochromis เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอวีนัส (Nimbochromis venustus)
• Oreochromis เป็นปลาอาหารที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจ เช่น ปลานิล (Oreochromis niloticus) ปลาหมอเทศ (O. mossambicus)
• Pelvicachromis เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอครีเบนซิส (Pelvicachromis pulcher)
• Pterophyllum เป็นปลาตู้สวยงาม ปลาในสกุลนี้เรียกว่า ปลาเทวดา
• Mikrogeophagus เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาแรมเจ็ดสี (Mikrogeophagus ramirezi)
• Symphysodon เป็นปลาตู้สวยงาม ปลาในสกุลนี้เรียกว่า ปลาปอมปาดัวร์
• Vieja เป็นปลาตู้สวยงาม เช่น ปลาหมอซินสไปลุ่ม (Vieja synspila)