ในปี 1983 นักไวรัสวิทยาที่กระทรวงสาธารณสุขรัฐนิวยอร์กได้ประดิษฐ์วิธีทางพันธุวิศวกรรมเพื่อสร้างวัคซีนดีเอ็นเอรวมใหม่ (recombinant DNA) คือได้แปลงวัคซีนฝีดาษธรรมดาให้เป็นวัคซีนที่สามารถใช้ป้องกันโรคอื่น ๆ[8]ทำโดยแทรกยีนหนึ่งจากไวรัสอื่น ๆ (ได้แก่ไวรัสเริม ไวรัสตับอักเสบบี และไวรัสไข้หวัดใหญ่)[9][10]ต่อมาในปี 1993 นักเคมีชีวภาพที่แหล็บวิจัยของบริษัทเมอร์คได้แสดงว่า การฉีดพลาสมิดที่เข้ารหัสยีนแอนติเจนของไข้หวัดใหญ่สามารถป้องกันหนูไม่ให้ติดโรค (ที่จงใจทำให้ติด)[11]ต่อมาในปี 2016 สถาบันสุขภาพแห่งชาติสหรัฐได้เริ่มทดลองวัคซีนดีเอ็นเอเพื่อป้องกันไวรัสซิกาในมนุษย์ซึ่งมีแผนรับอาสาสมัคร 120 คนอายุระหว่าง 18-35 ปีวัคซีนจะฉีดเข้าที่ต้นแขนด้วยความดันสูงแต่จนถึงเดือนสิงหาคม 2016 การผลิตวัคซีนให้ได้มาก ๆ ก็ยังไม่ลงตัวอนึ่ง บริษัท Inovio Pharmaceuticals และ GeneOne Life Science ได้เริ่มทดลองวัคซีนดีเอ็นเออีกชนิดสำหรับไวรัสซิกาในเมืองไมแอมี[12]การทดลองวัคซีนดีเอ็นเอป้องกันโรคเอชไอวีก็กำลังดำเนินการอยู่อีกด้วย[13]

ในเดือนสิงหาคม 2021 รัฐบาลอินเดียได้ลงทะเบียนให้ใช้วัคซีนดีเอ็นเอ ZyCoV-D ในภาวะฉุกเฉินเพื่อป้องกันโรคโควิด-19 โดยบริษัทยาอินเดีย Cadila Healthcare ได้พัฒนาวัคซีนนี้ขึ้น[5]