การประนีประนอมเป็นสิ่งที่น่าอายอย่างมากสำหรับครุสชอฟและสหภาพโซเวียต เพราะว่าการถอนขีปนาวุธของสหรัฐออกจากตุรกีนั้นไม่ได้เผยแพร่ต่อสาธารณะ—มันเป็นเพียงการตกลงอย่างลับ ๆ ระหว่างครุสชอฟกับเคนเนดีเท่านั้น ชาวรัสเซียมองว่ามันเป็นการถอยออกจากสถานการณ์ที่พวกเขาได้เริ่มเอาไว้—แม้ว่าหากพวกเขาทำตามแผนได้ดี ผลที่ออกมาอาจตรงกันข้าม การสิ้นสุดอำนาจของครุสชอฟอีก 2 ปีต่อมาสามารถโยงไปถึงความน่าอับอายของคณะกรรมการโพลิทบูโรเพราะการยอมแพ้ต่อสหรัฐของครุสชอฟและการที่เขาไม่มีคุณสมบัติในการรับมือกับวิกฤติได้ทันท่วงที อย่างไรก็ดีวิกฤตการณ์ขีปนาวุธคิวบาไม่ใช้เพียงเหตุผลเดียวที่ทำให้คุรสชอฟสิ้นอำนาจ เหตุผลหลักมากจากนักการเมืองคู่แข่งอย่างเลโอนิด เบรจเนฟที่เชื่อว่าครุสชอฟมีอำนาจไม่มากพอที่จะรับมือกับปัญหาข้ามชาติ[ต้องการอ้างอิง].

สำหรับคิวบามันคือการหักหลังของโซเวียต ด้วยวิธีการที่โซเวียตตัดสินใจที่จะแก้ไขปัญหานั้นมาจากเคนเนดีและครุสชอฟ สิ่งนี้ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างโซเวียตและคิวบาเสื่อมลงในอีกหลายปีต่อมา[22] ในอีกทางหนึ่งคิวบาก็ยังคงได้รับการป้องกันจากการเข้าบุก

ผู้บัญชาการของสหรัฐนายหนึ่งไม่ยินดีกับผลที่ออกมาเช่นกัน นายพลเลอร์เมย์บอกกับประธานาธิบดีว่ามันเป็นความพ่ายแพ้ครั้งใหญ่ที่สุดของสหรัฐ และเขาว่าสหรัฐน่าจะเข้าโจมตีทันที

วิกฤตการณ์ขีปนาวุธคิวบาเป็นการกระตุ้นให้เกิดการต่อรองสายด่วน ซึ่งทำให้เกิดสายด่วนจากวอชิงตันถึงมอสโคว์ เป็นการสื่อสารโดยตรงระหว่างวอชิงตันกับมอสโคว์ จุดประสงค์คือการที่ผู้นำจากสองประเทศแห่งสงครามเย็นสามารถสื่อสารกันได้โดยตรงเพื่อแก้ไขปัญหา

นักวิจารณ์มากมายยังแนะว่าวิกฤตการณ์นี้ได้กระตุ้นให้สหรัฐใช้กำลังทางทหารมากขึ้น อย่างในสงครามเวียดนาม

การเผชิญหน้าระหว่างอเมริกาและรัสเซียครั้งนี้เกิดขึ้นในเวลาเดียวกันกับสงครามจีน-อินเดีย นักประวัติศาสตร์มองว่าการที่จีนโจมตีอินเดียด้วยเหตุกผลความขัดแย้งเรื่องพื้นที่นั้น ตรงกับวิกฤติการณ์ขีปนาวุธคิวบา[23]