เช้าวันต่อมา ลูกเรือฌองบัปติสต์เซย์ยังคงอยู่บนเรือที่เกยตื้น สยามได้ส่งเรือเข้ามาควบคุมเรือกลไฟฌองบัปติสต์เซย์และได้พยายามจมเรือแต่ไม่สำเร็จ จากรายงาน นักโทษได้รับการปฏิบัติที่เลวร้ายและถูกส่งตัวเข้าคุกกรุงเทพ วันต่อมาเรือปืนฝรั่งเศส ฟอร์แฟต (Forfait) ได้มาถึงปากน้ำและส่งเรือพร้อมทหารเต็มลำเข้ายึดเรือฌองบัปติสต์เซย์แต่เมื่อถึงเรือกลับโดนโจมตีขับไล่ถอยไปโดยทหารสยามที่ยึดเรืออยู่ เมื่อพลเรือตรี อูว์มัน มาถึงกรุงเทพ เขาได้ทำการปิดล้อมและหันกระบอกปืนมาทางพระบรมมหาราชวัง

ผ่านไป 1 สัปดาห์ วันที่ 19 กรกฎาคม ฝรั่งเศสยื่นคำขาดให้สยามเคารพสิทธิ์ของญวนและเขมรเหนือดินแดนฝั่งซ้ายแม่น้ำโขง ให้เสียค่าปรับไหมในเหตุการณ์ที่ทุ่งเชียงคำ,คำม่วนและการรบที่ปากน้ำเจ้าพระยา ให้เสียเงิน 2,000,000 ฟรังค์เป็นค่าปรับไหมในความเสียหาย, ให้จ่ายเงิน 3,000,000 ฟรังค์ ชำระเป็นเงินเหรียญโดยทันที เป็นมัดจำการจะชดใช้ค่าเสียหายต่างๆ และ “ค่าทำขวัญ” หรือถ้าไม่สามารถก็ต้องยอมให้รัฐบาลฝรั่งเศสมีสิทธิเก็บภาษีอากรในเมืองพระตะบองและเสียมราฐ, ให้รัฐบาลสยามตอบข้อเสนอให้ทราบภายใน 48 ชั่วโมง

ฝ่ายสยามยื่นคำตอบเมื่อวันที่ 22 กรกฎาคม ยอมยกดินแดนฝั่งซ้ายแม่น้ำโขง, ชำระค่าเสียหาย 2 ล้านฟรังค์ และจ่ายเงินเหรียญนกเม็กซิกัน 3 ล้านฟรังค์ทันทีเพื่อมัดจำ

เมื่อฝ่ายสยามยอมรับข้อเสนอทุกข้อของฝรั่งเศสโดยไม่มีเงื่อนไข ฝรั่งเศสก็เรียกร้องเพิ่มเติมโดยยึดปากน้ำและเมืองจันทบุรีไว้เป็นประกัน, ให้ถอนกำลังจากเมืองพระตะบองและเสียมราฐ และสงวนไว้ซึ่งสิทธิที่จะตั้งกงสุลที่เมืองนครราชสีมาและเมืองน่าน

เหตุการณ์ร.ศ. 112 สิ้นสุดลงด้วยการลงนามในหนังสือสัญญาวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2436 รัฐบาลสยามยอมสละกรรมสิทธิ์เหนือดินแดนฝั่งซ้ายแม่น้ำโขง