การรุกคืบของฝรั่งเศสเพื่อเข้ามายึดครองดินแดนในแถบอินโดจีนเกิดขึ้นตั้งแต่สมัยรัชกาลที่ 4 กรณีพิพาทเริ่มคุกรุ่นจากเหตุการณ์เมื่อพวกฮ่อได้รุกจากสิบสองจุไทลงมาตีเมืองหลวงพระบางในช่วงปี พ.ศ. 2428 [1] พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงได้โปรดเกล้าฯ ให้นายพันเอก เจ้าหมื่นไวยวรนาถ (เจ้าพระยาสุรศักดิ์มนตรี (เจิม แสง-ชูโต)) เป็นแม่ทัพยกกำลังไปปราบฮ่อ ฝ่ายฝรั่งเศสอ้างกรรมสิทธิ์เหนือดินแดนสิบสองจุไทและหัวพันทั้งห้าทั้งหกว่าเป็นเมืองขึ้นของญวน ขอให้ทัพไทยถอยออกไปให้พ้นเขต การเจรจาต่างฝ่ายต่างไม่ยอมรับข้อเสนอของกันและกัน มีการข่มขู่จากฝรั่งเศสว่ามีกองกำลังเสริมประจำในไซ่ง่อนและจะส่งกองเรือรบเข้ามากรุงเทพฯและอ้างว่าฝ่ายอังกฤษได้จัดส่งเรือรบเข้ามาเพิ่มเติมในน่านน้ำไทย

ในที่สุดฝรั่งเศสจึงส่งเรือการข่าว "แองกงสตัง" (Inconstant) และเรือปืน "โกแมต" (Comète) 2 มาถึงปากแม่น้ำและขออนุญาตแล่นเรือผ่านปากแม่น้ำเจ้าพระยาเพื่อไปสมทบกับเรือ "ลูแตง" (Le Lutin) [2] เพื่อเจรจาต่อรอง เมื่อสยามปฏิเสธ ผู้บังคับบัญชาฝ่ายฝรั่งเศส พลเรือตรี แอดการ์ อูว์มัน (Edgar Humann) เมินเฉยต่อความต้องการของสยามและคำสั่งจากรัฐบาลฝร่งเศส ซึ่งก่อนการต่อสู้ พลเรือตรี อูว์มัน ได้รับคำสั่งห้ามเข้าสู่ปากแม่น้ำเพราะสยามได้เตรียมการอย่างดีสำหรับการรบ กองกำลังฝ่ายสยามประกอบด้วยป้อมพระจุลจอมเกล้าที่พึ่งสร้างเสร็จ มีปืนเสือหมอบขนาด 6 นิ้ว 7 กระบอก3 ป้อมอื่นๆใกล้เคียง (ป้อมแผลงไฟฟ้า ที่เมืองนครเขื่อนขันธ์ (พระประแดง), ป้อมเสือซ่อนเล็บ, ป้อมผีเสื้อสมุทร) ระดมพลและเตรียมความพร้อมตามหัวเมืองชายทะเลตะวันออก มีการติดต่อสั่งซื้อยุทธภัณฑ์จากต่างประเทศ และการเตรียมการนี้มีมาอย่างน้อยก็ตั้งแต่เดือนเมษายน เมื่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าฯได้เสด็จตรวจป้อมพระจุลจอมเกล้าอยู่เนืองๆ ทรงเปิดทางรถไฟสายปากน้ำ และมีการทดลองยิงปืนใหญ่ให้ทอดพระเนตร สยามยังได้จมเรือสำเภาและเรือบรรทุกหินในแม่น้ำเพื่อเป็นแนวป้องกัน บีบให้เส้นทางเดินเรือกลายเป็นทางผ่านแคบ ๆ เพียงทางเดียว มีการเตรียมระเบิดตอร์ปิโดขนาดเล็ก เตรียมปืนใหญ่ไว้ที่บางนา บางจาก และคลองพระโขนง[3]

เรือปืน 5 ลำจอดทอดสมออยู่ด้านหลังแนวสิ่งกีดขวาง ประกอบไปด้วย เรือมกุฎราชกุมาร, เรือทูลกระหม่อม, เรือหาญหักศัตรู, เรือนฤเบนทร์บุตรี และ เรือมูรธาวสิตสวัสดิ์4 มีเรือ 2 ลำเป็นเรือรบทันสมัย คือ เรือมกุฎราชกุมาร และเรือมูรธาวสิตสวัสดิ์[4] ขณะที่เรือที่เหลือเป็นเรือปืนเก่าหรือเรือกลไฟแม่น้ำที่ดัดแปลงมา มีการวางข่ายทุ่นระเบิด 16 ลูก ผู้บังคับบัญชาป้อมเป็นนายพลเรือชาวดัตช์ซึ่งเป็นหนึ่งในชาวยุโรปหลายคนที่เข้ารับราชการในกองทัพไทย พลเรือโท พระยาชลยุทธโยธินทร์ (อองเดร ดู เปลซี เดอ ริเชอลิเออ) เป็นผู้บังคับบัญชาเรือปืน