ปี ค.ศ. 1593-1594 เกิดโรคระบาดใหญ่ทำให้ต้องปิดการแสดงละครลงไป เชกสเปียร์ได้ตีพิมพ์ผลงานกวีนิพนธ์สองเรื่องในแนวอีโรติก คือ Venus and Adonis และ The Rape of Lucrece โดยอุทิศให้กับ เฮนรี ริธเธสลีย์ เอิร์ลแห่งเซาธ์แฮมตัน ในเรื่อง Venus and Adonis อโดนิสผู้ไร้เดียงสาปฏิเสธการร่วมรักกับเทพีวีนัส ขณะที่ในเรื่อง The Rape of Lucrece ลูครีส ภริยาผู้ซื่อสัตย์ของคอลลาทินุส ถูกขืนใจโดยโอรสของทาร์ควิน (เป็นเหตุแห่งการสิ้นสุดราชวงศ์ทาร์ควินด้วย)[36] งานประพันธ์เหล่านี้ได้รับแรงบันดาลใจจากการปฏิรูปของโอวิด[37] แสดงถึงความผิดบาปและความขัดแย้งทางศีลธรรมซึ่งเป็นผลจากตัณหาที่ไม่สามารถควบคุมได้[36] บทกวีทั้งสองเรื่องนี้ได้รับความนิยมมากและมีการพิมพ์ซ้ำหลายครั้งตลอดช่วงชีวิตของเชกสเปียร์ ยังมีบทกวีอีกเรื่องหนึ่งชื่อ A Lover's Complaint พิมพ์ครั้งแรกในปี ค.ศ. 1609 บรรยายถึงคำคร่ำครวญของเด็กสาวคนหนึ่งที่เสียตัวให้กับชายผู้มาเกี้ยวพา ซึ่งนักวิชาการส่วนใหญ่ในปัจจุบันยอมรับกันว่าเชกสเปียร์เป็นผู้ประพันธ์บทกวีเรื่องนี้ แต่นักวิจารณ์จำนวนหนึ่งเห็นว่าบทกวีนี้ด้อยความงามลงไปเพราะคำพรรณนาที่เยิ่นเย้อ[36] กวีนิพนธ์เรื่อง The Phoenix and the Turtle พิมพ์ในปี ค.ศ. 1601 เป็นกวีนิพนธ์เชิงเปรียบเทียบพรรณนาอาลัยในการสิ้นชีพของฟีนิกซ์ นกในตำนาน กับคู่รักของมันคือนกเขา (turtle dove) นอกจากนี้ยังมีบทกวีอีกสองเรื่องคือร่างโคลงซอนเน็ตบทที่ 138 และ 144 ได้ตีพิมพ์ในปี ค.ศ. 1599 ในหนังสือ The Passionate Pilgrim ภายใต้ชื่อของเชกสเปียร์ โดยไม่ได้รับอนุญาต[36]

ซอนเน็ต

งานกวีนิพนธ์ชุด ซอนเน็ต ได้รับการตีพิมพ์ในปี ค.ศ. 1609 ถือเป็นงานเขียนที่ไม่ใช่บทละครชุดสุดท้ายของเชกสเปียร์ที่ได้รับการตีพิมพ์ นักวิชาการไม่ค่อยแน่ใจว่า บทกวี 154 ชุดได้ประพันธ์ขึ้นในช่วงเวลาใด แต่เชื่อว่าเชกสเปียร์เขียนโคลงซอนเน็ตระหว่างทำงานอยู่เรื่อย ๆ ในเวลาว่าง[6] ก่อนที่จะมีการพิมพ์บทกวีชุดปัญหาใน The Passionate Pilgrim ในปี 1599 ฟรังซิส เมเรส เคยอ้างถึงผลงานในปี 1598 ของเชกสเปียร์ เรื่อง "sugred Sonnets among his private friends"[20] ดูเหมือนว่า เชกสเปียร์ได้วางโครงร่างบทประพันธ์เอาไว้สองชุดหลักที่ตรงข้ามกัน ชุดที่หนึ่งเกี่ยวกับตัณหาที่ไม่อาจควบคุมได้ของสตรีที่แต่งงานแล้ว (เรียกว่า "dark lady" หรือ "หญิงใจชั่ว") อีกชุดหนึ่งเกี่ยวกับความขัดแย้งในความรักของเด็กหนุ่มไร้เดียงสา (เรียกว่า "fair youth" หรือ "วัยเยาว์ที่งดงาม") ไม่ทราบแน่ชัดว่าแนวคิดทั้งสองนี้เป็นตัวแทนถึงผู้ใดผู้หนึ่งในชีวิตจริงหรือไม่ รวมถึงคำว่า "I" (ข้า) ในบทกวี จะหมายถึงตัวเชกสเปียร์เองหรือไม่ งานพิมพ์ซอนเน็ตในปี 1609 ได้อุทิศให้แก่ "มิสเตอร์ ดับเบิลยู. เอช." ซึ่งได้รับยกย่องไว้ว่าเป็น "ผู้ให้กำเนิดเพียงผู้เดียว" ของบทกวีเหล่านั้น แต่ไม่ทราบแน่ว่าผู้เขียนคำอุทิศนี้คือเชกสเปียร์หรือทางสำนักพิมพ์ ทอมัส ทอร์ป กันแน่ ทั้งไม่ทราบว่า มิสเตอร์ ดับเบิลยู. เอช. ตัวจริงคือใคร มีทฤษฎีที่วิเคราะห์กวีนิพนธ์เล่มนี้มากมาย รวมถึงว่าเชกสเปียร์ได้อนุญาตให้มีการตีพิมพ์คราวนี้หรือไม่[6] นักวิจารณ์ต่างให้คำชื่นชมแก่บทกวีชุดซอนเน็ตว่าเป็นตัวอย่างการพรรณนาอันลึกซึ้งอย่างวิเศษเกี่ยวกับธรรมชาติของความรัก ความใคร่ การเกิด การตาย และกาลเวลา[38]