วิษณุ เครืองาม จบการศึกษาระดับประถมศึกษาและมัธยมศึกษาปีที่ 3 จากโรงเรียนกอบกาญจน์ศึกษา และโรงเรียนแสงทองวิทยา หาดใหญ่ และมัธยมปีที่ 4-5 จากโรงเรียนพระโขนงพิทยาลัยกรุงเทพมหานคร จากนั้นได้เข้าศึกษาต่อในระดับปริญญาตรี จนสำเร็จนิติศาสตรบัณฑิต (เกียรตินิยมดีมาก เหรียญทองพระราชทานทุนภูมิพล) จากคณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และสำเร็จการศึกษาเป็นเนติบัณฑิตไทย (โดยสอบไล่ได้ลำดับที่ 2) จากสำนักอบรมศึกษากฎหมายแห่งเนติบัณฑิตยสภา

วิษณุ เครืองาม สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาโท Master of Laws (LL.M.) และปริญญาเอก Doctor of the Science of Law (J.S.D.) จาก มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เบิร์กลีย์ สหรัฐอเมริกา ด้วยทุนรัฐบาล