ศาสนาฮินดูเข้าสู่อินโดนีเซียตั้งแต่ศตวรรษแรกโดยชาวอินเดียที่เข้ามาค้าขาย ก่อนถูกแทนที่โดยศาสนาพุทธที่กลายเป็นศาสนาหลักของเกาะสุมาตราและชวา แต่ภายหลังการเข้ามาของศาสนาอิสลามช่วงศตวรรษที่ 14 และด้วยอุปสรรคทางวัฒนธรรมบางประการ จึงทำให้บาหลีเป็นแหล่งพักพิงสุดท้ายของชาวฮินดูยุคก่อนและประชากรส่วนใหญ่ของบาหลียังคงเป็นฮินดูมาจนถึงปัจจุบัน[1][2] นอกจากนี้ยังมีชุมชนชาวฮินดูจำนวนมากอาศัยอยู่บริเวณหมู่เกาะขนาดน้อยทางตะวันออกของเกาะชวา ส่วนบริเวณเกาะชวาทางฝั่งตะวันออกสุดของเกาะก็ยังมีหมู่บ้านฮินดูกระจัดกระจายอยู่ทั่วไป