ศาสนาในประเทศติมอร์-เลสเต มีศาสนาหลักคือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก ที่โดดเด่นแม้มิใช่ศาสนาประจำชาติก็ตาม[2] นอกจากนี้ยังมีผู้นับถือนิกายโปรเตสแตนต์และศาสนาอิสลามนิกายซุนนีกลุ่มย่อม ๆ อาศัยในประเทศ[2] รัฐธรรมนูญติมอร์-เลสเตได้ให้เสรีภาพในการนับถือศาสนา ทั้งโรมันคาทอลิก โปรเตสแตนต์ และอิสลามล้วนมีศาสนสัมพันธ์อันดี[3]ประชากรติมอร์-เลสเตส่วนใหญ่นับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก ซึ่งเป็นมรดกจากยุคอาณานิคมโปรตุเกส ส่วนศาสนาพื้นเมืองเดิมเป็นคติวิญญาณนิยมที่มีเทพเจ้าหลายองค์ ลักษณะเดียวกันกับชาวพอลินีเชียและชาวมาดากัสการ์[4] มีคติความเชื่อที่ยังหลงเหลืออยู่ เช่น การบูชาจระเข้เฒ่า[5] จากการรายงานของธนาคารโลกเมื่อ พ.ศ. 2548 พบว่าส่วนใหญ่นับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกร้อยละ 98 นิกายโปรเตสแตนต์ร้อยละ 1 และศาสนาอิสลามน้อยกว่าร้อยละ 1[2] ทว่าประชากรส่วนใหญ่ปฏิบัติตนตามคติวิญญาณนิยม ซึ่งพวกเขามองว่าเป็นเรื่องของวัฒนธรรมมากกว่าศาสนา[2] ในยุคที่ติมอร์-เลสเตถูกผนวกเป็นจังหวัดของประเทศอินโดนีเซีย จำนวนโบสถ์คริสต์เพิ่มจำนวนขึ้น จากเดิมที่มีโบสถ์เพียง 100 แห่ง เมื่อ พ.ศ. 2517 เพิ่มขึ้นเป็น 800 แห่ง ใน พ.ศ. 2537[6] ส่วนหนึ่งก็เพราะคติวิญญาณนิยมที่นับถือเทพเจ้าหลายองค์ไม่สอดคล้องกับปรัชญาปัญจศีลของอินโดนีเซียที่เชื่อเรื่องเทพเจ้าเพียงองค์เดียว จึงมีการเผยแผ่ศาสนาคริสต์ให้แพร่หลายขึ้น บาทหลวงโปรตุเกสถูกแทนที่ด้วยบาทหลวงอินโดนีเซีย และบทสวดภาษาโปรตุเกสและละตินถูกแทนที่ด้วยบทสวดภาษาอินโดนีเซีย[7] ก่อนถูกอินโดนีเซียเข้ายึดครอง มีประชากรเพียงร้อยละ 20 ที่แสดงตนเป็นคริสตัง แต่ช่วง พ.ศ. 2523 เป็นต้นมา ประชากรส่วนใหญ่ระบุตัวตนว่าเป็นคริสตังมากถึงร้อยละ 95[7][8] ทำให้ติมอร์-เลสเตกลายเป็นชาติที่มีผู้นับถือนิกายโรมันคาทอลิกหนาแน่นที่สุดชาติหนึ่งของโลก[9]กองกำลังทหารอินโดนีเซียผู้นับถือนิกายโปรเตสแตนต์ที่เคยมาประจำการในพื้นที่ล้วนมีบทบาทในการสร้างโบสถ์โปรเตสแตนต์ แต่หลังเดือนกันยายน พ.ศ. 2542 เป็นต้นมา ผู้ที่นับถือศาสนาคริสต์นิกายโปรเตสแตนต์และศาสนาอิสลามในติมอร์-เลสเตลดลงอย่างมีนัยสำคัญ เพราะชนเหล่านี้บางส่วนเป็นกลุ่มผู้สนับสนุนให้ติมอร์-เลสเตรวมเข้ากับอินโดนีเซีย บางส่วนเป็นรัฐการหรือพลเรือนอินโดนีเซียที่เข้ามาทำงานในติมอร์-เลสเต หลัง พ.ศ. 2542 ส่วนใหญ่พวกเขาอพยพไปติมอร์ตะวันตกของอินโดนีเซีย[2]ในช่วงที่ถูกอินโดนีเซียยึดครองนั้น มีชาวมุสลิมจำนวนมากอาศัยอยู่ในพื้นที่ เช่นชาวอาหรับที่เข้ามาตั้งแต่ยุคอาณานิคม แต่ศาสนิกชนที่มากสุดจะเป็นชาวมลายูที่อพยพมาจากเกาะแก่งอื่น ๆ ของประเทศอินโดนีเซีย แต่ก็มีอยู่ไม่มากนักหากเทียบกับประชากรทั้งหมดในประเทศ[2] ซีไอเอเวิลด์แฟกต์บุ๊กประมาณการไว้ว่ามีผู้นับถือศาสนาอิสลามเพียงร้อยละ 0.2[10]สมาคมบันทึกสถิติศาสนา (Association of Religion Data Archives) รายงานโดยอิงตามฐานข้อมูลคริสต์ศาสนิกชนโลกพบว่า ประเทศติมอร์-เลสเตมีผู้นับถือศาสนาอิสลามร้อยละ 3.6 อไญยนิยมร้อยละ 0.4 ศาสนาพุทธและศาสนาพื้นบ้านจีนร้อยละ 0.2 นอกจากนี้ยังมีศาสนาบาไฮ ศาสนาฮินดู และศาสนาเกิดใหม่รวมกันมีไม่ถึงร้อยละ 0.1[11]