ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2562 มีการรายงานผู้ป่วยโรคปอดบวมที่เกี่ยวข้องกับไวรัสโคโรนาต่อเจ้าหน้าที่สาธารณสุขในนครอู่ฮั่น สถาบันได้ทำการตรวจสอบฐานข้อมูลของไวรัสโคโรนา และพบว่าไวรัสตัวใหม่นั้นมีสารพันธุกรรม 96 เปอร์เซ็นต์ที่เหมือนกับตัวอย่างที่นักวิจัยได้นำมาจากค้างคาวมงกุฎจากทางตะวันตกเฉียงใต้ของประเทศจีน[15]

เมื่อไวรัสแพร่กระจายไปทั่วโลกสถาบันได้ดำเนินการตรวจสอบอย่างต่อเนื่อง ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 หนังสือพิมพ์เดอะนิวยอร์กไทมส์รายงานว่าทีมที่นำโดยฉือ เจิ้งลี่ (石正丽) จากสถาบันเป็นคณะแรกที่วิเคราะห์และระบุลำดับทางพันธุกรรมของไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่ (ขณะนั้นเรียกว่า 2019-nCoV) และอัปโหลดไปยังฐานข้อมูลสาธารณะสำหรับการศึกษาวิจัยของนักวิทยาศาสตร์ทั่วโลก[16][17] และเผยแพร่เป็นบทความในนิตยสารเนเจอร์[18] ในวันที่ 19 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 ห้องปฏิบัติการเผยแพร่จดหมายข่าวบนเว็บไซต์อธิบายว่า พวกเขาประสบความสำเร็จในการถอดรหัสจีโนมของไวรัสทั้งหมดได้อย่างไร: "ในตอนเย็นของวันที่ 30 ธันวาคม พ.ศ. 2562 หลังจากได้รับตัวอย่างจากโรคปอดบวมที่ไม่มีคำอธิบายเพิ่มเติมมาจากโรงพยาบาลอู่ฮั่นจินอินถาน (武汉市金银潭医院) สถาบันดำเนินการด้วยความเข้มแข็งตลอดคืนและทำงานต่อเนื่องเป็นเวลา 72 ชั่วโมงเพื่อแก้ปัญหา ในวันที่ 2 มกราคม พ.ศ. 2563 ลำดับจีโนมทั้งหมดของไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่ได้ถูกระบุ"[19] ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 สถาบันได้ยื่นขอจดสิทธิบัตรในประเทศจีนเพื่อใช้ยาเรมเดซิเวียร์ (Remdesivir) ซึ่งเป็นยาทดลองที่เป็นของบริษัทกิลเลียด ไซแอนเซส (Gilead Sciences) ซึ่งสถาบันพบว่ามีการยับยั้งไวรัสในหลอดทดลอง[20] เป็นการเคลื่อนไหวที่ทำให้เกิดความกังวลเกี่ยวกับสิทธิในทรัพย์สินทางปัญญา.[21] สถาบันกล่าวว่าจะไม่บังคับใช้สิทธิ์ในสิทธิบัตรใหม่ในประเทศจีน "หากบริษัทต่างประเทศที่เกี่ยวข้อง ตั้งใจจะมีส่วนร่วมในการป้องกันและควบคุมการแพร่ระบาดของโรคในจีน"[22]

ข้อกังวลในฐานะการเป็นแหล่งกำเนิด

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2563 ทฤษฎีสมคบคิดแพร่หลายในวงสังคมว่าโควิด-19 เป็นโรคระบาดที่เกิดจากไวรัสที่ได้รับการออกแบบโดยสถาบัน WIV ซึ่งได้ถูกหักล้างบนพื้นฐานของหลักฐานทางวิทยาศาสตร์ว่าไวรัสมีต้นกำเนิดจากธรรมชาติ[23][24] ในช่วงกลางเดือนมกราคมสำนักข่าวกรองของสหรัฐรายงานต่อเจ้าหน้าที่ว่า พวกเขาไม่ได้ตรวจพบสัญญาณเตือนใด ๆ ภายในรัฐบาลจีนที่จะชี้นำให้เกิดการระบาดขึ้นจากห้องปฏิบัติการของรัฐบาล[25] จอช โรกิน (Josh Rogin) เขียนในคอลัมน์ความคิดเห็นในหนังสือพิมพ์เดอะวอชิงตันโพสต์ว่า จดหมายข่าวของกระทรวงการต่างประเทศสหรัฐในปี พ.ศ. 2561 ได้หยิบยกประเด็นด้านความปลอดภัยเกี่ยวกับงานวิจัยของสถาบัน WIV เกี่ยวกับการตรวจไวรัสโคโรนาในค้างคาว[26] ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2563 ตามคำร้องขอของเจ้าหน้าที่บริหารของประธานาธิบดีดอนัลด์ ทรัมป์ หน่วยงานข่าวกรองของสหรัฐเริ่มตรวจสอบว่า การระบาดเกิดจากอุบัติเหตุรั่วไหลโดยไม่ตั้งใจโดยนักวิทยาศาสตร์ของสถาบัน WIV ที่ศึกษาไวรัสโคโรนาตามธรรมชาติในค้างคาวหรือไม่[27][25] หนังสือพิมพ์เดอะนิวยอร์กไทมส์รายงานว่าเจ้าหน้าที่ระดับสูงในรัฐบาลทรัมป์ กำลังกดดันหน่วยงานข่าวกรองเพื่อให้หาหลักฐานสำหรับทฤษฎีที่ไม่ยืนยันว่าไวรัสรั่วจากห้องปฏิบัติการ ซึ่งนำไปสู่ความกังวลในหมู่นักวิเคราะห์ข่าวกรองบางส่วนว่า การประเมินข่าวกรองจะถูกบิดเบือนเพื่อใช้ในการรณรงค์ทางการเมือง เพื่อตำหนิประเทศจีนสำหรับการระบาดของโรค[28] ประธานาธิบดี ทรัมป์ และรัฐมนตรีต่างประเทศ ไมเคิล พอมเพโอ อ้างว่ามีหลักฐานของทฤษฎีแล็บ แต่ไม่ได้ให้รายละเอียดเพิ่มเติม[29][30]

นักวิทยาไวรัสชั้นนำได้โต้แย้งความคิดที่ว่าเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 รั่วไหลออกมาจากสถาบัน[31][32] นักวิทยาไวรัส ปีเตอร์ ดาสซัค (Peter Daszak) ประธานองค์กร EcoHealth Alliance (ซึ่งศึกษาโรคติดเชื้อที่เกิดขึ้นใหม่และมีความร่วมมือกับนักวิทยาไวรัสชั้นนำของ WIV เพื่อศึกษาไวรัสโคโรนาในค้างคาว)[33] ได้ตั้งข้อสังเกตว่า ในแต่ละปีมีผู้คนหลายล้านคนที่อาศัยหรือทำงานในบริเวณใกล้เคียงกับค้างคาว ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ติดเชื้อไวรัสโคโรนา[31] ในการให้สัมภาษณ์กับเว็บไซต์ข่าว Vox ดาสซัคให้ความเห็นว่า "อาจมี 6 คนที่ทำงานในห้องปฏิบัติการเหล่านั้นดังนั้นลองเปรียบเทียบจำนวน 1 ถึง 7 ล้านคนต่อปี กับคน 6 คน มันไม่สมเหตุสมผล"[32] จานนา แมเซต์ (Jonna Mazet) ศาสตราจารย์ด้านระบาดวิทยาของมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เดวิส และผู้อำนวยการโครงการ PREDICT ซึ่งเป็นโครงการเฝ้าระวังไวรัสที่เกิดขึ้นใหม่ได้แสดงความคิดเห็นว่า เจ้าหน้าที่ของสถาบันวิทยาไวรัสอู่ฮั่นได้รับการฝึกอบรมจากนักวิทยาศาสตร์ชาวสหรัฐ โดยเป็นส่วนหนึ่งของโครงการ PREDICT และมีการปฏิบัติงานตามมาตรฐานที่มีความปลอดภัยสูง เธอกล่าวว่า "หลักฐานทั้งหมดชี้ให้เห็นว่านี่ไม่ใช่อุบัติเหตุในห้องปฏิบัติการ"[31]