พลเอก สนธิศึกษาในระดับประถมและมัธยมที่ โรงเรียนวัดพระศรีมหาธาตุ และศึกษาต่อโรงเรียนเตรียมทหาร (รุ่นที่ 6) และศึกษาต่อ โรงเรียนนายร้อยพระจุลจอมเกล้า เหล่าทหารราบ (รุ่นที่ 17) และได้ศึกษาในระดับอุดมศึกษาระดับปริญญาโท สาขาศิลปศาสตร์มหาบัณฑิต (การทหาร) โรงเรียนเสนาธิการทหารบก สถาบันวิชาการทหารบกชั้นสูง และวิทยาลัยป้องกันราชอาณาจักร (รุ่นที่ 42) ในปี พ.ศ. 2556 จบการศึกษาปริญญาเอก สาขารัฐศาสตร์ (สาขาวิชาการเมือง) มหาวิทยาลัยรามคำแหง[14] รุ่นแรกของคณะ โดยมีพลเอก สนธิ บุญยรัตกลินเป็นประธานรุ่น ที่มีอายุมากที่สุดคือ 63 ปีนอกจากนี้ได้มีหลักสูตรพิเศษอื่น ได้แก่

• หลักสูตรส่งทางอากาศและหลักสูตรจู่โจม โรงเรียนศูนย์การทหารราบ
• หลักสูตรชั้นนายร้อยทหารราบ หลักสูตรสงครามทุ่นระเบิด โรงเรียนศูนย์การทหารช่าง
• หลักสูตรผู้บังคับหมวดช่างโยธาและกระสุน โรงเรียนศูนย์การทหารราบ
• หลักสูตรภาษาอังกฤษ โรงเรียนยุทธศึกษาทหารบก
• หลักสูตรลาดตระเวนระยะไกล โรงเรียนศูนย์การทหารราบ โรงเรียนเสนาธิการทหารบก
• หลักสูตรหลักประจำ ชุดที่ 57