รัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549

วันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 พลเอก สนธิ เป็นหัวหน้าคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ก่อรัฐประหาร ยึดอำนาจการปกครองของ รัฐบาลพ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ซึ่งเกิดขึ้นก่อนจะมีการเลือกตั้งเดือนหน้า และ ซึ่งอยู่ระหว่างการประชุมสหประชาชาติที่นครนิวยอร์ก

อนึ่งในวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 พลเอก สนธิ เป็นหัวหน้าคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ได้มีประกาศคำสั่งให้อำนาจหน้าที่ของนายกรัฐมนตรีเป็นของหัวหน้าคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุขคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ดังนั้นจึงให้ถือว่าพลเอก สนธิ บุญยรัตกลิน เคยดำรงตำแหน่งรักษาการนายกรัฐมนตรีด้วย

หลังจากมีการจัดตั้งรัฐบาลแล้ว พลเอก สนธิ ได้เปลี่ยนตำแหน่งจากหัวหน้าคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ไปเป็นประธานคณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติ

หลังเกษียณอายุราชการในปี พ.ศ. 2550 พลเอก สนธิ ได้รับพระราชทานโปรดเกล้า ฯ ให้ดำรงตำแหน่งรองนายกรัฐมนตรี มีหน้าที่ดูแลความมั่นคงโดยเฉพาะ ในรัฐบาลพลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ [18]

หัวหน้าพรรคมาตุภูมิ

หลังพ้นจากตำแหน่งรองนายกรัฐมนตรี พลเอกสนธิ ก็มักปรากฏข่าวคราวว่าจะเล่นการเมือง โดยจะเป็นหัวหน้าพรรคเอง ในที่สุด ในวันที่ 18 พฤศจิกายน พ.ศ. 2552 พลเอก สนธิก็รับตำแหน่งประธานพรรคมาตุภูมิ ซึ่งเป็นพรรคการเมืองที่ก่อตั้งโดยนักการเมืองใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ที่เป็นมุสลิม โดยมีเป้าหมายหวังฐานเสียงใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้[19] และรับตำแหน่งหัวหน้าพรรคในปี พ.ศ. 2554 โดยการเลือกตั้งในวันที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2554 ได้ลงรับสมัครเลือกตั้งแบบบัญชีรายชื่อลำดับที่ 1 พรรคมาตุภูมิ[20]

ประธานคณะกรรมาธิการปรองดองฯ