อาณาจักรเขมรอุดง มีศูนย์กลางอยู่ที่เมืองอุดงมีชัย หรือ อุดงฦาไชย ตั้งแต่ พ.ศ. 2161 ในสมัยนี้เรียกอีกอย่างหนึ่งว่าเป็น "ยุคมืดของเขมร" เพราะเป็นสมัยที่อาณาจักรเขมรเสื่อมอำนาจมีการแย่งชิงราชสมบัติกันตลอดเวลาแทบทุกรัชกาล เรียกได้ว่ามีกษัตริย์เขมรน้อยพระองค์นักในสมัยนี้ที่จะสวรรคตอย่างสมพระเกียรติ และยังมีการดึงญวนและกรุงศรีอยุธยา (ในเวลาต่อมาธนบุรีและรัตนโกสินทร์) เข้ามาร่วมในศึกแย่งราชสมบัติด้วยทำให้อาณาจักรเขมรต้องตกเป็นประเทศราชของทั้งสองประเทศ