สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะเสด็จพระราชสมภพเมื่อวันที่ 23 ธันวาคม ปีโชวะที่ 8 (ค.ศ. 1933) ณ พระราชวังหลวง กรุงโตเกียว พระองค์เป็นพระราชบุตรลำดับที่ 5 ใน 7 พระองค์ในจักรพรรดิโชวะกับจักรพรรดินีโคจุง แต่เป็นพระราชโอรสพระองค์ใหญ่ เมื่อแรกประสูติทรงพระยศและราชทินนามเป็น เจ้าชายสึงุ (ญี่ปุ่น: 継宮 โรมาจิ: สึงุ-โนะ-มิยะ) พระองค์ยังเป็นพระประยูรญาติของเจ้าหญิงพังจา มกุฎราชกุมารีองค์สุดท้ายของราชวงศ์เกาหลี

ตามลำดับการสืบสันตติวงศ์ของญี่ปุ่น พระองค์ทรงเป็นรัชทายาทอันดับ 1 ของราชบัลลังก์เบญจมาศตั้งแต่ประสูติ และทรงเข้าพระราชพิธีสถาปนาเป็นมกุฎราชกุมาร (ญี่ปุ่น: 立太子の礼 โรมาจิ: ริตไตชิ-โนะ-เร) ในวันที่ 10 พฤศจิกายน ค.ศ. 1951

ในวันที่ 10 เมษายน ค.ศ. 1959 มกุฎราชกุมารอากิฮิโตะอภิเษกสมรสกับนางสาวมิชิโกะ โชดะ การอภิเษกสมรสครั้งนี้สร้างประวัติศาสตร์ใหม่ให้ญี่ปุ่น เนื่องจากเป็นการอภิเษกของสตรีสามัญชนครั้งแรกกับราชวงศ์ญี่ปุ่น ทำให้นางสาวโชดะกลายเป็นมกุฎราชกุมารีมิชิโกะ

เมื่อจักรพรรดิโชวะเสด็จสวรรคตในปี ค.ศ. 1989 มกุฎราชกุมารอากิฮิโตะเสด็จขึ้นครองราชย์เป็นจักรพรรดิองค์ที่ 125 ของญี่ปุ่นต่อทันที ตามโบราณราชประเพณี และมีการส่งต่อเครื่องราชกกุธภัณฑ์ทั้งสาม ต่อมาในวันที่ 12 พฤศจิกายน ค.ศ. 1989 ทรงรับราชาภิเษกเป็นสมเด็จพระจักรพรรดิแห่งญี่ปุ่นอย่างเป็นทางการ และทรงสถาปนามกุฎราชกุมารีมิจิโกะขึ้นเป็นสมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะ

ในปลายสงครามโลกครั้งที่สอง พระองค์และพระอนุชาเจ้าชายมาซาฮิโตะต้องเสด็จหนีการทิ้งระเบิดโดยสหรัฐไปประทับนอกกรุงโตเกียว และเมื่อสหรัฐเข้ายึดครองญี่ปุ่น พระองค์ได้รับการสอนภาษาอังกฤษและธรรมเนียมตะวันตกโดยครูชาวอเมริกัน เอลิซาเบธ เกรย์ วินนิง นอกจากนี้ ยังทรงเข้าศึกษาสั้น ๆ ที่คณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยกากุชูอิง แต่ไม่ทรงได้รับปริญญา