สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะทรงเป็นผู้เชี่ยวชาญเรื่องสัตว์น้ำพระองค์หนึ่งของประเทศ ทรงศึกษาวิชามีนวิทยา จากคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยกากุชูอิง กรุงโตเกียว เมื่อครั้งดำรงพระยศเป็นมกุฎราชกุมาร ได้เสด็จพระราชดำเนินมายังประเทศไทย และทูลเกล้าฯ ถวายปลานิลจำนวน 50 ตัว แด่พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เมื่อวันที่ 25 มีนาคม ค.ศ. 1965 ซึ่งพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรครั้งนั้นได้โปรดเกล้าฯ ให้ทดลองเลี้ยงปลานิลในบ่อสวนจิตรลดา เป็นหนึ่งโครงการในโครงการส่วนพระองค์ สวนจิตรลดา ซึ่งการทดลองเลี้ยงนับว่าประสบความสำเร็จอย่างยิ่ง จนปัจจุบัน ปลานิลกลายเป็นหนึ่งในปลาเศรษฐกิจที่สำคัญชนิดหนึ่งของไทย โดยก่อนหน้านั้น พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร และ สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ทรงนำเสด็จพระราชดำเนิน มกุฎราชกุมารอากิฮิโตะและมกุฎราชกุมารีมิชิโกะ ได้เสด็จพระราชดำเนินมาทอดพระเนตรกิจการคณะประมง มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ บางเขน เมื่อวันศุกร์ที่ 18 ธันวาคม ค.ศ. 1964

นอกจากนี้แล้ว ในปี ค.ศ. 2005 ได้การค้นพบปลาในตระกูลปลาบู่ทะเลชนิดใหม่ ซึ่งได้มีการตั้งชื่อวิทยาศาสตร์ว่า Exyrias akihito และต่อมาก็ได้มีการค้นพบปลาบู่น้ำจืดสกุลใหม่ ซึ่งก็ได้มีการตั้งชื่อว่า Akihito เพื่อถวายเป็นพระเกียรติยศแด่พระองค์