สมเด็จพระมหินทราธิราช มีพระนามเดิมว่า พระมหินทราธิราช ทรงพระราชสมภพราว พ.ศ. 2078 เป็นพระราชโอรสพระองค์ที่สองในสมเด็จพระมหาจักรพรรดิกับพระสุริโยทัย มีพระเชษฐาคือพระราเมศวรผู้เป็นพระมหาอุปราช และมีพระขนิษฐาคือพระวิสุทธิกษัตรีย์ พระบรมดิลก พระเทพกษัตรีย์ และยังมีพระอนุชาและพระขนิษฐาต่างพระชนนี คือ พระศรีเสาวราช กับ พระแก้วฟ้า

พระราชพงศาวดาร ฉบับพันจันทนุมาศ (เจิม) ระบุว่าพระมหินทราธิราชได้ตามเสด็จฯ ออกรบในสงครามพระเจ้าตะเบ็งชเวตี้ด้วย แต่ถูกทหารมอญล้อมจับพร้อมกับพระราเมศวรไปถวายพระเจ้าตะเบ็งชเวตี้ซึ่งประทับที่เมืองชัยนาท สมเด็จพระมหาจักรพรรดิทรงทราบจึงส่งพระราชสาส์นไปขอให้ปล่อยพระราชโอรสทั้งสองพระองค์คืนกรุงศรีอยุธยา[4] พระเจ้าตะเบ็งชเวตี้ทรงตกลงโดยขอแลกกับช้างพลายมงคลทวีปและช้างพลายศรีมงคลไปไว้กรุงหงสาวดี สมเด็จพระมหาจักรพรรดิปรึกษามุขมนตรีแล้วก็ตกลงถวาย กองทัพพระเจ้าหงสาวดีจึงยกทัพกลับไป[5]

หลังสงครามช้างเผือกที่ทำให้เสียพระราเมศวรแก่กรุงหงสาวดีในปี พ.ศ. 2106 สมเด็จพระมหาจักรพรรดิทรงสละราชสมบัติให้พระมหินทราธิราชซึ่งขณะนั้นพระชนมายุได้ 25 พรรษา สมเด็จพระมหินทราธิราชทรงขัดพระทัยที่ต้องอยู่ใต้บังคับบัญชาสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชเจ้าเมืองพิษณุโลก ทรงปรึกษากับพระยารามแล้วจึงชักชวนสมเด็จพระไชยเชษฐาธิราชให้มาตีเมืองพิษณุโลก[6] เมื่อทัพทั้งสองฝ่ายประชิดเมืองพิษณุโลกได้แล้วก็ยังตีเมืองไม่สำเร็จ เพราะมีทัพจากพระเจ้าบุเรงนองมาช่วยเมืองพิษณุโลก[7]

เมื่อแผนการไม่สำเร็จสมเด็จพระมหินทราธิราชก็เลิกทัพคืนกรุงศรีอยุธยา ทรงเห็นว่าสมเด็จพระมหาธรรมราชากับหัวเมืองเหนืออยู่ข้างกรุงหงสาวดีและไม่ไยดีกับกรุงศรีอยุธยาแล้ว[8] จึงอัญเชิญพระราชบิดาลาผนวชมาครองราชสมบัติดังเดิมในปี พ.ศ. 2111 และใช้โอกาสที่สมเด็จพระมหาธรรมราชากับพระนเรศไปเข้าเฝ้าพระเจ้าบุเรงนองที่กรุงหงสาวดี[9] ยกทัพไปชิงพระวิสุทธิกษัตรีย์ พระเอกาทศรถ และครอบครัวของพวกข้าหลวงเดิมมาไว้กรุงศรีอยุธยา ขากลับสมเด็จพระมหินทราธิราชพยายามตีเมืองกำแพงเพชรเพราะทรงเห็นว่าเป็นกำลังฝ่ายข้าศึก แต่ไม่สำเร็จ[10] สมเด็จพระมหาธรรมราชาทราบข่าวทั้งหมดจึงทูลฟ้องพระเจ้าบุเรงนอง พระเจ้าบุเรงนองจึงยกทัพใหญ่มาอีกครั้งในเดือน 12[11] สามารถปิดล้อมกรุงศรีอยุธยาไว้ได้ แต่ตีพระนครแต่ไม่สำเร็จ ระหว่างนั้นสมเด็จพระมหาจักรพรรดิประชวรได้ 25 วันก็เสด็จสวรรคต[12]

สมเด็จพระมหินทราธิราชสืบราชสมบัติอีกครั้ง แล้วทรงมอบหมายให้พระยารามบัญชาการรบแทน[13] ส่วนพระองค์ประทับแต่ในพระราชวัง ไม่เอาพระทัยใส่ในการศึก[14] ฝ่ายพระเจ้าบุเรงนองมีพระราชสาส์นถึงสมเด็จพระมหินทราธิราชว่าถ้าส่งตัวพระยารามมาให้จะยอมเป็นพระราชไมตรี สมเด็จพระมหินทราธิราชก็ยอมทำตาม[15] พระเจ้าบุเรงนองก็ให้กองทัพพักรบไว้ ต่อมามีรับสั่งให้พระสังฆราชกรุงศรีอยุธยาไปแจ้งแก่กรุงศรีอยุธยาว่าถ้าพระเจ้าแผ่นดินและขุนนางทั้งปวงออกมาถวายบังคมแก่พระองค์ ก็จะรับพระราชไมตรี ทรงรออยู่ 7 วันยังไม่ได้คำตอบ[16] สมเด็จพระมหาธรรมราชาออกไปเจรจาก็ไม่สำเร็จ พระเจ้าบุเรงนองจึงรับสั่งโจมตีกรุงศรีอยุธยาต่อ ระหว่างนั้นพระเจ้าลูกเธอพระศรีเสาวราชนำกองพล 15,000 มาช่วยป้องกันพระนครโดยไม่ได้ปรึกษาพระราชบิดา สมเด็จพระมหินทราธิราชเห็นว่าพระราชโอรสทำตามอำเภอใจ จึงรับสั่งให้พระยาธรรมาคุมตัวพระศรีเสาวราชไปสำเร็จโทษ ณ วัดพระราม บรรดาทหารก็เสียใจ แต่เห็นแก่สวัสดิภาพของครอบครัวจึงมุ่งรักษาพระนครต่อ[17] ฝ่ายสมเด็จพระมหาธรรมราชาคิดอุบายให้พระยาจักรีเป็นไส้ศึก[18] พระเจ้าบุเรงนองก็ยินดีตามแผน สมเด็จพระมหินทราธิราชหลงเชื่อว่าพระยาจักรีหนีมาได้จริง ก็พระราชทานรางวัลและมอบหมายให้บัญชาการรักษาพระนคร พระยาจักรีทำหน้าที่เข้มแข็งอยู่เดือนหนึ่งจึงเริ่มทำให้กองกำลังกรุงศรีอยุธยาอ่อนกำลังลง พระเจ้าบุเรงนองทรงทราบก็รับสั่งให้นายทัพนายกองเข้าโจมตีกรุงศรีอยุธยา[19] จึงเสียกรุงในวันแรม 11 ค่ำ เดือน 9 พระมหาอุปราชากรุงหงสาวดีและสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราชพาสมเด็จพระมหินทราธิราชไปเข้าเฝ้าพระเจ้าบุเรงนองที่พลับพลาวัดมเหยงคณ์ พระเจ้าบุเรงนองตบพระหัตถ์ที่พระราชอาสน์ทูลเชิญสมเด็จพระมหินทราธิราชให้เข้ามานั่ง สมเด็จพระมหินทราธิราชก็คลานเข้าไปแต่ไม่ถึงที่พระราชอาสน์ พระเจ้าบุเรงนองยื่นพานพระศรีให้[20] สมเด็จพระมหินทราธิราชไม่ทรงรับ เมื่อพระเจ้าบุเรงนองหยิบพระศรีให้ ทรงรับมาไว้ครูหนึ่งจึงเสวย พระเจ้าบุเรงนองเชิญสมเด็จพระมหินทราธิราชไปอยู่กรุงหงสาวดี โดยระหว่างรอเสด็จให้อยู่ในความดูแลของสมเด็จพระมหาธรรมราชา และให้พระมหาอุปราชาเข้าไปกวาดต้อนครัวเรือนชาวกรุงศรีอยุธยาและรูปหล่อส่งไปกรุงหงสาวดีทั้งหมด[21]

เมื่อสมเด็จพระมหินทราธิราชตามเสด็จฯ ถึงเมืองแครงก็ประชวรหนัก แม้พระเจ้าบุเรงนองจะคาดโทษแพทย์หากรักษาไม่หายและได้เสด็จมาเยี่ยมให้กำลังใจ[22] ไม่นานก็สวรรคต สิริพระชนมพรรษา 34 พรรษา[23] พระราชทานเพลิงแล้วให้ทหารนำพระอัฐิ พระสนม และเครื่องราชูปโภคมาส่งกรุงศรีอยุธยา[24]