เจ้าหญิงมารีอาพระราชสมภพที่พระราชวังริเบย์รา ซึ่งต่อมาพระราชวังนี้ได้ถูกทำลายจากเหตุการณ์แผ่นดินไหวและคลื่นสึนามิ พระนามเต็มของพระนางคือ มารีอา ฟรานซิสกา อิซาเบล โจเซฟา แอนโทเนีย เจอร์ทรูด ริตา ฮวนนา ในวันพระราชสมภพ พระเจ้าฌูเอาที่ 5 แห่งโปรตุเกสซึ่งเป็นพระอัยกาของพระนางได้มอบพระอิสริยยศเจ้าหญิงเป็น เจ้าหญิงแห่งเบย์รา พระนางเป็นพระราชธิดาพระองค์โตจากทั้งหมด 4 พระองค์

เมื่อพระราชบิดาได้สืบราชสมบัติเป็น พระเจ้าโจเซฟแห่งโปรตุเกส หลังจากการเสด็จสวรรคตของพระเจ้าฌูเอาที่ 5 ในปีพ.ศ. 2293 เจ้าหญิงมารีอาได้รับการสถาปนาเป็น เจ้าหญิงแห่งบราซิลซึ่งเป็นพระอิสริยยศตามแบบดั้งเดิม ซึ่งไม่ใช่พระอิสริยยศดัสเชสแห่งบรากันซา

เจ้าหญิงมารีอาทรงเจริญพระชันษาในช่วงที่การปกครองของพระราชบิดาและรัฐบาลอยู่ภายใต้อำนาจของมาควิสแห่งพอมบาล พระราชบิดาของพระนางมักจะปลีกตัวพระองค์จากการเมืองมาพำนักที่พระราชวังหลวงเควลูซ ซึ่งต่อมาได้มอบให้กับเจ้าหญิงมารีอาและพระสวามี มาควิสแห่งพอมบาลได้เข้ากุมอำนาจในรัฐบาลหลังจากเหตุการณ์ครั้งร้ายแรงคือ แผ่นดินไหวในลิสบอน พ.ศ. 2298 ในวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2293 วึ่งส่งผลให้ประชาชนกว่าหนึ่งแสนคนต้องเสียชีวิต และพระราชวังริเบย์ราถูกทำลายจนสิ้น

หลังจากเหตุการณ์แผ่นดินไหวครั้งนั้นส่งผลให้พระราชบิดาของพระนางเกิดพระอาการประหลาดคือ พระองค์มักจะรู้สึกอึดอัดในที่ที่ไม่มีช่องว่าง อันเป็นผลมาจากโรคกลัวที่ปิดทึบ (Claustrophobia) พระเจ้าโจเซฟทรงสร้างที่ประทับในเมืองอาจูดา โดยให้ห่างไกลจากตัวเมือง ซึ่งพระราชวังเป็นที่รู้จักในชื่อ พระราชวังเรียล บาร์ราคา เดอ อาจูดา (กระท่อมหลวงแห่งอาจูดา) เนื่องจากว่าทั้งตัวพระราชวังทำจากไม้ทั้งสิ้น พระราชวงศ์ทรงประทับร่วมกันที่พระราชวังนี้และเป็นที่ที่เจ้าหญิงมารีอาทรงพระประสูติกาลพระโอรสพระองค์แรกด้วย ต่อมาในปีพ.ศ. 2337 พระราชวังนี้ได้ถูกเพลิงเผาจนวอดวายและได้มีการสร้างพระราชวังหลวงอาจูดาขึ้นแทนที่