ในปีพ.ศ. 2344 มานูเอล โกดอย นายกรัฐมนตรีเผด็จการแห่งสเปนได้ส่งกองทัพบุกโปรตุเกสด้วยการสนับสนุนจากนโปเลียน แต่ในปีเดียวกันก็ถูกสั่งระงับแผนการไว้ อย่างไรก็ตามในสนธิสํญญาบาดาจอซในวันที่ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2344 โปรตุเกสได้ถูกบังคับให้มอบโอลิเวนซาและส่วนหนึ่งของกายอานาแก่สเปน

รัฐบาลโปรตุเกสปฏิเสธที่จะร่วมในแผนการบุกเกาะอังกฤษของฝรั่งเศสและสเปนในปีพ.ศ. 2350 กองทัพฝรั่งเศส-สเปนนำโดยนายพลฌอง-อันดอเช ชูโนต์ได้บุกโปรตุเกส กองทัพโปรตุเกสพ่ายแพ้ นายพลชูโนต์ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้ว่าราชการแผ่นดินโปรตุเกสโดยการตัดสินพระทัยของจักรพรรดินโปเลียนที่ประสงค์ให้ทำลายราชอาณาจักรโปรตุเกสจากการร้องขอของรัฐบาลอังกฤษ ในวันที่ 29 พฤศจิกายน พ.ศ. 2350 พระราชวงศ์บรากันซาตัดสินพระทัยลี้ภัยไปยังบราซิลและก่อตั้งรัฐบาลพลัดถิ่นในราชอาณาจักรบราซิลขึ้น พระนางและพระราชวงศ์ประทับเรือพระที่นั่งปรินซิเป เรียล ระหว่างการเสด็จจากพระราชวังมายังท่าเรือ พระนางทรงกรีดร้องและกรรแสงตลอดทางและเป็นเช่นนี้ตลอดจนถึงบราซิล สมเด็จพระราชินีทรงเริ่มมีภาวะสมองเสื่อม พระนางทรงหวาดผวาโดยทรงคำนึงว่าพระองค์จะทรงถูกนำไปทรมานหรือทรงถูกนำไปปล้นในระหวางการเดินทางโดยเหล่านางสนองพระโอษฐ์ของพระนางเอง

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2351 เจ้าชายฌูเอาและพระราชวงศ์เสด็จถึงซาลวาดอร์ ซึ่งเป็นที่ที่พระองค์ทรงเปิดการค้าระหว่างบราซิลกับมิตรประเทศซึ่งรวมทั้งประเทศอังกฤษ กฎหมายนี้เป็นสิ่งสำคัญที่จะยกเลิกสัญญาอาณานิคมซึ่งใช้บราซิลเป็นแผ่นดินหลักแทนโปรตุเกส

ในวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2358 พลโท ดยุกแห่งเวลลิงตัน แห่งกองทัพอังกฤษได้บุกเข้าสู่กรุงลิสบอนอันเป็นจุดเริ่มต้นของสงครามคาบสมุทร (Peninsular War) วันที่ 28 สิงหาคม ดยุกแห่งเวลลิงตันได้ชัยชนะเหนือนายพลฌอง-อันดอเช ชูโนต์ในสมรภูมิไวเมโร และถือเป็นการขจัดอำนาจของนายพลชูโนต์และเป็นการปลดแอกโปรตุเกสในการประชุมแห่งซินทรา วันที่ 30 สิงหาคม อย่างไรก็ตามนายพลอาร์เธอร์ เวลเลสลีย์ได้กลับมาโปรตุเกสอีกครั้งในวันที่ 22 เมษายนปีถัดมาเพื่อประกาศสงคราม โปรตุเกสภายใต้กองทัพอังกฤษมีความสามารถในการป้องกันประเทศตามเส้นทางแห่งตอร์เรส เวดราสและการบุกรุกของสเปนและฝรั่งเศส

ในปีพ.ศ. 2358 รัฐบาลพลัดถิ่นและราชวงศ์ได้ย้ายศูนย์กลางการปกครองมาที่บราซิลในฐานะราชอาณาจักรอย่างเต็มรูปแบบ และพระนางมารีอาทรงได้รับพระอิสริยยศเป็น สมเด็จพระราชินีนาถแห่งสหราชอาณาจักรโปรตุเกส, บราซิล และ อัลการ์เวส เมื่ออำนาจของนโปเลียนสิ้นสุดลงในปีพ.ศ. 2358 พระนางมารีอาและพระราชวงศ์ยังทรงประทับอยู่ที่บราซิล

ช่วงเวลา 9 ปีในบราซิลซึ่งเป็นที่ที่พระนางประทับอย่างไร้ความสุข พระนางมารีอาเสด็จสวรรคตที่คาร์เมลิต คอนแวนต์ ณ กรุงรีโอเดจาเนโรในปีพ.ศ. 2359 สิริพระชนมายุ 81 พรรษา ซึ่งทรงดำรงพระชนม์ชีพยืนยาวที่สุดในบรรดากษัตริย์โปรตุเกสนับตั้งแต่สถาปนาราชอาณาจักรโปรตุเกส เจ้าชายฌูเอา พระโอรสได้เสด็จขึ้นครองราชย์สืบต่อ พระนาม พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส พระบรมศพของพระนางมารีอาได้ส่งกลับมายังลิสบอน และฝังที่สุสานในโบสถ์แห่งเอสเตอราที่ซึ่งพระนางทรงอุปถัมภ์

ต่อมาพระบรมรูปหินอ่อนของพระนางได้ถูกสร้างขึ้นในห้องสมุดแห่งชาติกรุงลิสบอนโดยคณะนักศึกษาของ โจอาคิม มาร์ชาดา เดอ คัสโตรซึ่งเป็นผู้กำกับโครงการ