สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 ทรงมีพระนามเมื่อประสูติว่า มารีอา ดา กลอเรีย โจอานา ชาร์ลอตา ลีโอโพลดีนา ดา ครูซ ฟรานซิสกา ซาวิเออร์ เดอ เปาลา อิซิดอรา มิเชลา กราเบรียลา ราเฟลา กอนซากา ที่รีโอเดจาเนโร พระองค์เป็นพระราชธิดาของพระมหากษัตริย์โปรตุเกส และจักรพรรดิบราซิล พระเจ้าเปดรูที่ 4 หรือจักรพรรดิเปดรูที่ 1 กับ พระมเหสีพระองค์แรกอาร์ชดัชเชสมาเรีย ลีโอโพลดีนาแห่งออสเตรีย พระราชธิดาในจักรพรรดิฟรันซ์ที่ 2 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 เสด็จพระราชสมภพที่ รีโอเดจาเนโร บราซิล พระองค์จึงเป็นพระมหากษัตริย์ยุโรปพระองค์เดียวที่ทรงพระราชสมภพนอกทวีปยุโรป แม้ว่าพระองค์จะเสด็จพระราชสมภพในอาณานิคมของโปรตุเกสก็ตาม