เมื่อพระอัยกาของสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 พระเจ้าฌูเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส เสด็จสรรคตเมื่อ เดือนมีนาคม พ.ศ. 2369 ก็เกิดวิกฤติในประเทศโปรตุเกส รัชทายาทขององค์กษัตริย์ เจ้าชายเปดรู ได้ประกาศอิสรภาพของบราซิล เมื่อ พ.ศ. 2365 และพระองค์ก็เป็นจักรพรรดิพระองค์แรก จักรพรรดิเปดรูที่ 1 แห่งบราซิล พระมหากษัตริย์ยังมีโอรสองค์เล็กอีกองค์คือ พระเจ้ามิเกลแห่งโปรตุเกส แต่พระองค์ก็ถูกเนรเทศในออสเตรีย หลังจากนำกองทัพเข้าต่อต้านระบอบการปกครองของพระบิดาของพระองค์และระบอบเสรีนิยม

ก่อนการสวรรคตของ พระเจ้าฌูเอาที่ 6 เจ้าหญิงอิซาเบล มารีอาแห่งโปรตุเกสได้รับการเสนอพระนามให้เป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน จนกระทั่ง "ทายาทที่ถูกต้องกลับไปยังราชอาณาจักร" แต่พระองค์ก็ล้มเหลว ที่จะระบุว่าพระราชโอรสของพระองค์มีสิทธิ์ถูกต้องตามกฎหมาย เนื่องจากพระองค์หนึ่งเป็นจักรพรรดิแห่งบราซิล อีกพระองค์หนึ่งถูกเนรเทศ

ผู้คนส่วนใหญ่คิดว่าจักรพรรดิเปดรูที่ 1 นั้นคือทายาทที่ถูกต้องตามกฎหมาย แต่ชาวบราซิลไม่ต้องการให้โปรตุเกสและบราซิลรวมกันอีกครั้ง ประเทศในยุโรปที่ได้รับภายใต้การปกครองของบราซิลเมื่อทั้งสองเป็นส่วนหนึ่งของ สหราชอาณาจักรโปรตุเกส บราซิล และแอลการ์ฟ ซึ่งก่อตั้งโดยพระเจ้าฌูเอาที่ 6 ในระหว่างที่พำนักอยู่ที่รีโอเดจาเนโรจาก 2351 จนถึง 2363 ต่อมาพระองค์ทราบว่าผู้ที่สนับสนุนพระอนุชาของพระองค์จะนำพระเจ้ามิเกลมาครองบัลลังก์ จักรพรรดิเปดรูจึงตัดสินในหาทางเลือกที่ดีที่สุด สุดท้ายพระองค์จึงสละราชบัลลังก์ให้แก่ เจ้าหญิงมารีอา ดา กลอเรีย พระราชธิดาพระองค์โต (ซึ่งมีพระชนมายุเพียง 7 พรรษา) พระองค์จะต้องอภิเษกสมรสกับ พระเจ้ามิเกล พระปิตุลาของพระองค์ ซึ่งจะต้องยอมรับกฎหมายเสรีนิยม และทำหน้าที่เป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์จนกว่าพระภาติยะจะโตพอที่จะครองราชย์ได้

พระเจ้ามิเกลทรงตกลงที่จะยอมรับ แต่เมื่อพระองค์เสด็จมาถึงโปรตุเกส พระองค์ก็โค่นราชบัลลังก์ของสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 และยกเลิกรัฐธรรมนูญเสรีนิยม ในช่วงรัชสมัยของพระองค์มีแต่ความหวาดกลัว สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 ได้เสด็จลี้ภัยไปยังที่ต่างๆ เช่นเดียวกับพระอัยกาของพระองค์ ที่กรุงเวียนนา ลอนดอน และปารีส

จักรพรรดิเปดรูที่ 1 สละราชบัลลังก์เมื่อ พ.ศ. 2374 ซึ่งครองราชย์ต่อโดยพระราชโอรส (และพระอนุชาของสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 จักรพรรดิเปดรูที่ 2 แห่งบราซิล) และพระองค์ได้เข้าร่วมกองกำลังที่จงรักภักดีต่อสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 ที่อะโซร์ส เพื่อทำสงครามกับพระเจ้ามิเกล และบังคับให้พระเจ้ามิเกลสละราชสมบัติในปี พ.ศ. 2377

สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 ครองราชย์ครั้งที่สอง เนื่องจากพระอนุชาของพระองค์ จักรพรรดิเปดรูที่ 2 แห่งบราซิล และเจ้าหญิงรัชทายาท ถูกตัดสิทธิ์ในพระราชบัลลังก์ตามรัฐธรรมนูณมาตราที่ 91 เมื่อวันที่ 30 ตุลาคม พ.ศ. 2378