เมื่อพระเจ้าชาลส์ที่ 2 เสด็จสวรรคตเมื่อปี ค.ศ. 1685 โดยไม่มีรัชทายาท ดยุกแห่งยอร์กก็ขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าเจมส์ที่ 2 แห่งราชอาณาจักรอังกฤษและไอร์แลนด์ และพระเจ้าเจมส์ที่ 7 แห่งสกอตแลนด์ แต่ทรงมีปัญหาเกี่ยวกับนโยบายทางศาสนา โดยทรงพยายามพระราชทานเสรีภาพในการนับถือศาสนาแก่ผู้ที่มิได้นับถือนิกายเชิร์ชออฟอิงแลนด์แต่นโยบายนี้ไม่เป็นที่ยอมรับโดยสาธารณชน วิธีที่ทรงทำคือทรงใช้อำนาจในการเป็นพระมหากษัตริย์ยุบเลิกกฤษฏีที่ออกโดยรัฐสภา[5] ขุนนางและนักการเมืองโปรเตสแทนต์จึงเดินทางไปเฝ้าเจ้าหญิงแมรีและพระสวามีเมื่อปี ค.ศ. 1687 เพื่อจะหาข้อต่อรองเกี่ยวกับปัญหานี้ หลังจากนั้นพระเจ้าเจมส์ที่ 2 ก็ทรงบังคับให้นักบวชอังกลิคันอ่าน “ประกาศการไถ่บาป” (Declaration of Indulgence) ภายในวัดในเดือนพฤษภาคมปี ค.ศ. 1688 ซึ่งเป็นการประกาศให้เสรีภาพทางศาสนาให้แก่ผู้ลี้ภัยทางศาสนา (โรมันคาทอลิก) ความนิยมในพระองค์ของประชาชนจึงตกฮวบ[5] ความหวาดระแวงของผู้นับถือโปรเตสแทนต์ยิ่งเพิ่มมากขึ้นเมื่อแมรีแห่งโมดีนาพระชายาผู้เป็นโรมันคาทอลิกให้กำเนิดแก่พระราชโอรส เจมส์ ฟรานซิส เอ็ดเวิร์ด สจวต ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1688 ซึ่งไม่เช่นเจ้าหญิงแมรีและแอนน์ที่ถูกเลี้ยงเป็นโปรเตสแทนต์ เจมส์ ฟรานซิสจะถูกเลี้ยงเป็นโรมันคาทอลิก นอกจากนั้นก็ยังมีข่าวลือกันว่าพระราชโอรสเป็น “พระราชโอรสปลอม” (supposititious) เพราะถูกลักลอบในถาดถ่านที่ใช้อุ่นเตียงก่อนนอน (bed-warming pan) เข้ามาในห้องที่ใช้ประสูติเพื่อแทนพระโอรสที่สิ้นพระชนม์หลังประสูติของเจมส์ ฟรานซิส[9] ถึงแม้ว่าจะไม่มีหลักฐานสนับสนุนข้อกล่าวหานี้ เจ้าหญิงแมรีก็ทรงประท้วงสิทธิในราชบัลลังก์ของพระราชโอรสอย่างเป็นทางการ และทรงส่งรายการคำถามต่างๆ มายังพระขนิษฐาเกี่ยวกับสถานะการณ์ของการประสูติ[10]

เมื่อวันที่ 30 มิถุนายน ค.ศ. 1688 กลุ่มขุนนางโปรเตสแทนต์ที่เรียกตนเองว่า “ผู้อัญเชิญทั้งเจ็ด” (Immortal Seven) ก็ได้อัญเชิญเจ้าชายวิลเลียมแห่งออเรนจ์อย่างลับๆ ให้ทรงยกกองทัพมาอังกฤษ[11] ครั้งแรกเจ้าชายวิลเลียมก็ไม่ทรงเต็มพระทัยเพราะทรงอิจฉาที่พระชายาทรงมีตำแหน่งเป็นรัชทายาทแห่งราชบัลลังก์อังกฤษและทรงกลัวว่าพระชายาจะมีอำนาจมากกว่าพระองค์ถ้าทรงไปรุกรานอังกฤษสำเร็จ แต่แมรีทรงปลอบพระทัยเจ้าชายวิลเลียมว่าตัวพระองค์เองนั้นไม่มีความสนพระทัยทางการเมืองเท่าใดนักและจะทรงเป็น “แต่เพียงพระชายา, และพระองค์จะทรงทำทุกสิ่งทุกอย่างเท่าที่อำนาจจะอำนวยที่จะทำให้เจ้าชายวิลเลียมเป็นกษัตริย์ตลอดพระชนม์ชีพ”[12] เจ้าชายวิลเลียมจึงทรงตกลงที่จะรุกรานอังกฤษ

ก่อนจะรุกรานเจ้าชายวิลเลียมก็ทรงออกประกาศซึ่งในประกาศกล่าวถึงพระราชโอรสของพระเจ้าเจมส์ที่ 2 ในนามว่า “เจ้าชายแห่งเวลส์ผู้อ้างสิทธิ” (Pretended Prince of Wales) นอกจากนั้นก็ยังทรงระบุรายการของความไม่พึงพอใจต่าง ๆ ของชาวอังกฤษ และทรงกล่าวว่าจุดประสงค์เพียงอย่างเดียวในการรุกรานของพระองค์ก็เพื่อให้อังกฤษมี “รัฐสภาที่เป็นเอกราชและถูกต้องตามนิตินัย”[2] กองทัพเนเธอร์แลนด์ขึ้นฝั่งอังกฤษเมื่อวันที่ 5 พฤศจิกายน ค.ศ. 1688 หลังจากที่ต้องกลับไปเนเธอร์แลนด์ครั้งหนึ่งในเดือนตุลาคมเพราะโดนพายุ[11] กองทัพและราชนาวีอังกฤษหันมาหนุนหลังเจ้าชายวิลเลียม เพราะหมดความเชื่อมั่นในความมั่นคงในรัฐบาลของพระเจ้าเจมส์[13] พระเจ้าเจมส์ทรงพยายามหลบหนีเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม ค.ศ. 1688 แต่ไม่สำเร็จ แต่ครั้งที่สองทรงหลบหนีไปฝรั่งเศสได้เมื่อวันที่ 23 ธันวาคม ค.ศ. 1688 และทรงลี้ภัยอยู่ในฝรั่งเศสจนเสด็จสวรรคต[5]

เจ้าหญิงแมรีทรงมีความเศร้าพระทัยกับสถานะการณ์ในการโค่นราชบัลลังก์ของพระราชบิดา แต่เจ้าชายวิลเลียมทรงมีโองการให้พระชายาแสดงพระพักตร์ว่ามีความสุขเมื่อเดินทางเข้าลอนดอนหลังจากได้ทรงได้รับชัยชนะ การกระทำของพระองค์ทำให้ทรงถูกวิจารณ์ว่าทรงขาดความรู้สึก เจ้าชายวิลเลียมเองก็ทรงเขียนวิจารณ์เจ้าหญิงแมรีว่าเป็นผู้ไม่มีความจงรักภักดี การกระทำนี้มีผลกระทบกระเทือนต่อความรู้สึกของเจ้าหญิงแมรีเป็นอย่างมาก[2]

ในปี ค.ศ. 1689 เจ้าชายวิลเลียมทรงเรียกประชุมรัฐสภาเพื่อหาวิธีที่เหมาะสมที่จะดำเนินต่อไป[14] ตัวพระองค์ไม่ทรงมีความมั่นพระทัยในความมั่นคงของสถานะภาพของพระองค์เอง และมีพระประสงค์จะขึ้นครองเป็นพระเจ้าแผ่นดินแทนที่จะเป็นเพียงพระราชสวามีของพระราชินีนาถ สถานะการณ์ที่คล้ายคลึงกันนี้เกิดขึ้นครั้งหนึ่งแล้วก่อนหน้านั้น ในคริสต์ศตวรรษที่ 16 เมื่อพระราชินีนาถแมรีที่ 1ทรงเสกสมรสกับพระเจ้าฟิลลิปที่ 2 แห่งสเปน ผู้ได้รับการแต่งตั้งให้เป็น “กษัตริย์” แต่ตามพระราชกำหนดพระเจ้าฟิลลิปเป็นพระเจ้าแผ่นดินได้จนสิ้นรัชสมัยของพระราชินีนาถแมรีเท่านั้น แต่เจ้าชายวิลเลียมทรงเรียกร้องให้พระองค์เป็นพระมหากษัตริย์ต่อไปแม้ว่าจะหลังจากการสวรรคตของพระชายา รัฐบุรุษคนสำคัญๆ บางคงต้องการให้เจ้าหญิงแมรีเป็นพระมหากษัตรีย์แต่เพียงผู้เดียวแต่เจ้าหญิงแมรีไม่ทรงยอม[14]

เมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1689 รัฐสภาผ่านพระราชประกาศสิทธิ (Declaration of Right) ซึ่งระบุว่าในเมื่อพระเจ้าเจมส์ที่ 2 พยายามหลบหนีเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม ค.ศ. 1688 ก็เท่ากับว่าเป็นการทรงสละราชสมบัติแห่งราชอาณาจักรโดยปริยาย ฉะนั้นราชบัลลังก์จึงว่างลง[14][15] รัฐสภามิได้ถวายราชบัลลังก์ให้แก่พระราชโอรสองค์โตที่สุดของพระเจ้าเจมส์ที่ 2 -- เจมส์ ฟรานซิส เอ็ดเวิร์ด สจวต (ผู้ที่ควรจะเป็นรัชทายาทตามกฎหมายถ้าสถานะการณปกติ) -- แต่ถวายให้แก่เจ้าชายวิลเลียมและเจ้าหญิงแมรีในฐานะกษัตริย์และกษัตรีย์ผู้ปกครองร่วมกันแทนที่ แต่มีข้อแม้ว่าการใช้อำนาจของเจ้าชายวิลเลียมต้องใช้ในนามของทั้งสองพระองค์ในระยะเวลาที่ทรงราชย์ร่วมกัน[14] พระราชประกาศสิทธิต่อมาขยายความไม่แต่จะจำกัดสิทธิในการครองราชย์ของพระเจ้าเจมส์ที่ 2 และผู้สืบเชื้อสายจากพระองค์เท่านั้นแต่ยังรวมไปถึงการลิดรอนสิทธิของผู้ที่นับถือนิกายโรมันคาทอลิกทั้งหมดด้วย ซึ่งรัฐสภาอ้างว่าจากประสบการณ์การมีพระเจ้าแผ่นดินที่เป็นโรมันคาทอลิกเป็นการสร้างความไม่ปลอดภัยต่อราชอาณาจักรโปรเตสแตนต์[15]

เฮ็นรี ค็อมพตันบาทหลวงแห่งลอนดอนเป็นผู้สวมมงกุฏให้แก่เจ้าชายวิลเลียมและเจ้าหญิงแมรีที่ เวสท์มินสเตอร์แอบบีเมื่อวันที่ 11 เมษายน ค.ศ. 1689 ตามปกติแล้วผู้ทำพิธีสวมมงกุฏให้พระเจ้าแผ่นดินควรจะเป็นอัครบาทหลวงแห่งแคนเตอร์บรีแต่วิลเลียม แซนครอฟต์ผู้เป็นอัครบาทหลวงในขณะนั้นไม่ยอมรับว่าการประกาศยกเลิกสิทธิในราชบัลลังก์ของพระเจ้าเจมส์ที่ 2 เป็นการกระทำที่ถูกต้อง[16][17] จนถึงวันพระราชพิธีราชาภิเศกรัฐสภาสกอตแลนด์จึงได้ยอมประกาศว่าพระเจ้าเจมส์ที่ 2 ไม่ใช่พระเจ้าแผ่นดินแห่งราชอาณาจักรสกอตแลนด์อีกต่อไป และถวายมงกุฏแห่งราชบัลลังก์สกอตแลนด์แก่เจ้าชายวิลเลียมและเจ้าหญิงแมรีซึ่งทรงรับเมื่อวันที่ 11 พฤษภาคม ค.ศ. 1689 (ขณะนั้นราชอาณาจักรและอังกฤษยังไม่ได้รวมเป็นอาณาจักรเดียวกัน) [1]

แม้ว่าจะมีการออกพระราชประกาศสิทธิอย่างเป็นทางการแล้วก็ตาม แต่ก็ยังมีผู้สนับสนุนพระเจ้าเจมส์ที่ 2 เป็นอันมากในสกอตแลนด์ จอห์น แกรม ไวเคานท์แห่งดันดีรวบรวมกำลังในการกู้ราชบัลลังก์ให้แก่พระเจ้าเจมส์ที่ 2 และได้รับชัยชนะในศึกคิลลีแครงคีเมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม แต่ก็มาพ่ายแพ้อย่างยับเยินเดือนต่อมาในศึกดันเคลด์[18][19]