สมเด็จพระราชินีนาถแมรีที่ 2 พระราชสมภพที่พระราชวังเซนต์เจมส์ในกรุงลอนดอนเป็นพระธิดาองค์โตของดยุกแห่งยอร์ก และ เลดี้แอนน์ ไฮด์พระชายาองค์แรก[2] เป็นพระราชนัดดาของพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 2 และทรงเป็นหลานของเอ็ดเวิร์ด ไฮด์, เอิร์ลแห่งแคลเร็นดอนที่ 1 (ทางพระมารดา) ผู้รับราชการในฐานะที่ปรึกษาในพระองค์ของพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 2 เป็นระยะเวลานาน[3] แม้ว่าพระมารดาจะมีบุตรธิดาถึง 8 คนแต่ก็มีแต่พระราชินีนาถแมรี และพระขนิษฐาสมเด็จพระราชินีนาถแอนน์เท่านั้นที่มีชีวิตรอดมาจนโต[4]

ดยุกแห่งยอร์กทรงเปลี่ยนไปนับถือคริสต์ศาสนานิกายโรมันคาทอลิกราวปี ค.ศ. 1668 หรือ 1669 แต่มีทรงมีคำสั่งให้พระธิดาทั้งสองพระองค์ถูกเลี้ยงอย่างเคร่งครัดในนิกายโปรเตสแทนต์ดังที่เคยเป็นมา[5] หลังจากเลดี้แอนน์ ไฮด์เสียชีวิตเมื่อปี ค.ศ. 1673 ดยุคแห่งยอร์คก็เสกสมรสเป็นครั้งที่สองกับแมรีแห่งโมดีนาผู้เป็นโรมันคาทอลิก[6]

เมื่อพระราชินีนาถแมรีมีพระชนมายุได้ 15 พรรษาก็ทรงหมั้นกับเจ้าชายวิลเลียมแห่งออเรนจ์ผู้เป็นโปรเตสแทนต์[1] เจ้าชายวิลเลียมเป็นพระโอรสของเจ้าหญิงแมรีแห่งออเรนจ์พระมาตุฉาของเจ้าหญิงแมรี กับเจ้าชายวิลเลียมแห่งออเรนจ์ เมื่อเริ่มแรกเริ่มดยุคแห่งยอร์คไม่ทรงเห็นด้วยกับการที่เจ้าหญิงแมรีจะไปมีความสัมพันธ์กับเจ้านายดัทช์ เพราะมีพระประสงค์จะให้เจ้าหญิงแมรีแต่งงานกับโดแฟงลุยส์รัชทายาทของราชบัลลังก์ฝรั่งเศสมากกว่า แต่ในที่สุดก็ทรงต้องยอมเนื่องจากความกดดันจากรัฐสภาในเหตุผลที่ว่าการมีความสัมพันธ์กับฝรั่งเศสโรมันคาทอลิกไม่เหมาะสมกับสภาวะทางการเมืองของอังกฤษ [7] และการที่ทรงยอมให้พระราชธิดาแต่งงานกับโปรเตสแทนต์เป็นการหวังว่าจะทำให้ประชาชนเพิ่มความนิยมในตัวพระองค์มากขึ้นแต่ก็ไม่ได้ผล[8] แมรีและวิลเลียมผู้เป็นลูกพีลูกน้องกันทรงเสกสมรสเมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน ค.ศ. 1677 กล่าวกันว่าแมรีกรรแสงตลอดงาน[2]

หลักจากการเสกสมรสแล้วเจ้าหญิงแมรีก็เสด็จไปประทับที่ราชอาณาจักรเนเธอร์แลนด์กับพระสวามี แม่ว่าจะทรงรักพระสวามีเป็นอันมากแต่ชีวิตการสมรสของพระองค์ก็เป็นชีวิตที่ไม่ค่อยมีความสุขนัก เจ้าหญิงแมรีทรงพระครรภ์ 3 ครั้งแต่ทรงตกหรือทรงให้การประสูติแต่พระทารกเสียชีวิตทั้ง 3 ครั้ง ความที่ไม่ทรงสามารถมีพระโอรสธิดาได้นี้เป็นสาเหตุหนึ่งในความไม่มีความสุขของพระองค์ เจ้าหญิงแมรีมีพระนิสัยไปทางร่าเริงและเป็นกันเองซึ่งทำให้เป็นที่นิยมของชาวดัทช์ แต่พระสวามีทรงเป็นผู้มืพระนิสัยตรงข้ามคือเย็นชาและไม่ยินดียินร้ายกับผู้ใด[1] แต่ต่อมาก็ทรงค่อยผ่อนคลายพระองค์บ้างเมื่อทรงอยู่ใกล้ชิดกับเจ้าหญิงแมรี[2]