ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1689 รัฐสภาผ่านพระราชบัญญัติสิทธิ ค.ศ. 1689 (Bill of Rights 1689) ซึ่งเป็นกฎหมายฉบับที่สำคัญที่สุดฉบับหนึ่งในประวัติศาสตร์อังกฤษ พระราชบัญญัตินี้เป็นเอกสารที่สนับสนุนพระราชประกาศสิทธิที่ออกมาก่อนหน้านั้น แต่สิ่งที่สำคัญที่สุดคือการจำกัดสิทธิต่างๆ ของพระมหากษัตริย์รวมทั้งข้อที่ว่าพระมหากษัตริย์ไม่มีอำนาจในการยับยั้งกฎหมายที่ผ่านรัฐสภา; ออกระบบการเก็บภาษีโดยไม่ได้รับการอนุญาตจากรัฐสภา; ขัดขวางสิทธิในการเรียกร้อง; รวบรวมกองทัพยามสงบโดยไม่ได้รับการอนุญาตจากรัฐสภา; ยับยั้งการถืออาวุธโดยประสกนิกรชาวโปรเตสแทนต์; เข้ายุ่งเกี่ยวกับการเลือกตั้งของรัฐสภา; และในการลงโทษสมาชิกของรัฐสภาไม่ว่าในเรื่องใด ๆ ที่ถกเถียงกันในรัฐสภา, หรือบังคับให้เสียค่าประกันตัวอย่าเกินเลย หรือลงโทษอย่างเกินเลยและไม่มีเหตุผล

นอกจากนั้นพระราชบัญญัติสิทธิก็ยังระบุลำดับของการสืบสันตติวงศ์ของราชอาณาจักรอังกฤษ[20] โดยกำหนดว่าหลังจากพระเจ้าวิลเลียมที่ 3 และพระราชินีนาถแมรีที่ 2 สวรรคต ผู้ที่มีสิทธิในราชบัลลังก์ต่อไปคือพระราชโอรสธิดาของทั้งสองพระองค์ ลำดับต่อจากนั้นก็เป็นพระขนิษฐาเจ้าหญิงแอนน์และพระโอรสธิดา จากนั้นไปก็เป็นพระราชโอรสธิดาของพระเจ้าวิลเลียมที่ 3 กับพระชายาใหม่ในอนาคตในกรณีที่พระราชินีนาถแมรีสวรรคตก่อนพระเจ้าวิลเลียม[20]

ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1690 พระเจ้าวิลเลียมที่ 3 มักจะเสด็จออกสงครามในต่างประเทศ สงครามครั้งแรกที่เสด็จไปเกิดขึ้นที่ไอร์แลนด์ในสงครามกับผู้สนับสนุนราชวงศ์สจวต (Jacobitism) ขณะที่พระราชสวามิไม่ได้ประทับในลอนดอนพระราชินีนาถแมรีที่ 2 ก็จะทรงเป็นผู้บริหารแผ่นดิน ทรงเป็นกษัตรีย์ผู้มีความแข็งแกร่ง เช่นในการทรงสั่งจับ เฮนรี ไฮด์ เอิร์ลแห่งแคลเร็นด็อนที่ 2 พระปิตุลาในข้อหาว่าวางแผนกู้ราชบัลลังก์คืนให้แก่พระเจ้าเจมส์ที่ 2 และจอห์น เชอร์ชิลล์ ดยุคแห่งมาร์ลเบรอในข้อหาคล้ายคลึงกันในปี ค.ศ. 1692 โดยทรงปลดเชอร์ชิลล์จากตำแหน่งต่างๆ และจำขัง แต่เชอร์ชิลล์เป็นผู้ที่ประชาชนนิยมจึงเป็นผลทำให้ความนิยมในตัวพระองค์จากประสกนิกรลดลงบ้าง การกระทำครั้งนี้เป็นจุดที่ทำให้ความสัมพันธ์ของพระองค์กับเจ้าหญิงแอนน์พระขนิษฐา (ผู้เป็นสหายสนิทของซาราห์ เชอร์ชิลล์ภรรยาของจอห์น เชอร์ชิลล์ ดยุคแห่งมาร์ลเบรอ) เสื่อมลง[1] เมื่อเจ้าหญิงแอนน์เสด็จมาปรากฏตัวในราชสำนักกับซาราห์ เชอร์ชิลล์เพื่อแสดงว่าทรงสนับสนุนดยุคแห่งมาร์ลเบรอ พอเห็นเช่นนั้นพระราชินีนาถแมรีที่ 2 ก็กริ้วและมีพระราชโองการให้เจ้าหญิงแอนน์ปลดซาราห์ออกจากตำแหน่งนางสนองพระโอษฐ์และให้เจ้าหญิงแอนน์ย้ายออกจากพระราชฐาน พระราชินีนาถแมรีที่ 2 มิได้เสด็จไปเยี่ยมพระขนิษฐาแม้ในระหว่างที่ทรงพระครรภ์ ความสัมพันธ์ระหว่างทั้งพระองค์ไม่ดีขึ้นจนพระราชินีนาถแมรีที่ 2 เสด็จสวรรคต[2]

พระเจ้าวิลเลียมที่ 3 ทรงได้รับชัยชนะต่อผู้สนับสนุนราชวงศ์สจวตที่ไอร์แลนด์ ในปี ค.ศ. 1692 แต่ก็ยังเสด็จไปสงครามในต่างประเทศ เช่นสงครามต่อต้านฝรั่งเศสในเนเธอร์แลนด์ เมื่อพระราชสวามีไม่ได้ประทับที่ลอนดอน พระราชินีนาถแมรีที่ 2 ก็ทรงบริหารประเทศในนามของพระองค์เองแต่ตามคำแนะนำของพระเจ้าวิลเลียม แต่ถ้าพระเจ้าวิลเลียมประทับอยู่ในอังกฤษ พระราชินีนาถแมรีก็ไม่ทรงเชอบข้าไปยุ่งเกี่ยวทางการเมืองแม้ว่าจะระบุไว้ในพระราชบัญญัติสิทธิก็ตาม[1][20] แต่ทรงมีส่วนในการการปกครองที่เกี่ยวกับเชิร์ชออฟอิงแลนด์ [21] พระราชินีนาถแมรีที่ 2 เสด็จสวรรคตด้วยโรคฝีดาษ ที่พระราชวังเคนซิงตัน เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม ค.ศ. 1694[1][22] เมื่อเสด็จสวรรคตเฮนรี เพอร์เซลล์ (Henry Purcell) คีตกวีบาโรกถูกจ้างให้เขียนดนตรีสำหรับงานพระบรมศพในชื่อ “ดนตรีสำหรับงานพระบรมศพของพระราชินีนาถแมรี”[23] พระเจ้าวิลเลียมผู้ที่ทรงกลายมาเป็นผู้ที่มีความสัมพันธ์อย่างลึกซึ้งกับพระราชินีนาถทรงโทมนัสเป็นอันมากถึงกับทรงกล่าวว่าทรงกลายจากเป็นผู้ที่มีความสุขที่สุดไปเป็นผู้มีความทุกข์ที่สุดในโลก[2]