ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของอาร์โทรพอดใช้ข้อมูลทางพันธุกรรมจากดีเอ็นเอจากไมโทคอนเดรีย[2] ซึ่งแบ่งย่อยได้เป็น 5 ไฟลัมย่อย คือ

• ไฟลัมย่อยไทรโลบิโตมอร์ฟา สูญพันธุ์ไปหมดแล้ว พบแต่ในซากชีวิตโบราณ ถือว่าเป็นสัตว์ขาปล้องกลุ่มแรก
• ไฟลัมย่อยเชลิเซอราตา ลำตัวแบ่งเป็นสองส่วนคือส่วนหัวและอกรวมเป็นชิ้นเดียวเรียกเซฟาโลทอแรกซ์ กับส่วนท้อง มีรยางค์สำคัญ 1 คู่ข้างหน้า ใช้หาอาหาร แบ่งย่อยเป็น
  • ชั้นเมโรสโตมาตา มีขาเดิน 5 คู่ ใช้เหงือกหายใจ (book gill) เช่น แมงดาทะเล
  • ชั้นอะแรกนิดา มีขาเดิน 4 คู่ ใช้ปอด (book lung) หายใจ เช่น แมงมุม แมงป่อง เห็บ ไร แข็งในสุนัข
• ไฟลัมย่อยครัสตาเชีย เซฟาโลทอแรกซ์มีระยางค์ 5 คู่ แต่ละคู่มี 2 ก้าน ส่วนท้ายมีระยางค์อีก 8 คู่ อวัยวะรับความรู้สึกมีตาประกอบเป็นก้าน ขนแข็งทั่วตัวใช้รับสัมผัสและอวัยวะเกี่ยวกับการทรงตัว ระบบสืบพันธุ์แยกเพศกัน ปฏิสนธิภายใน ตัวอ่อนลอกคราบหลายครั้งกว่าจะเป็นตัวเต็มวัย ชั้นที่สำคัญได้แก่
  • ชั้นแบรงคิโอโพดา เช่น ไรน้ำ ไรแดง ไรสีน้ำตาล
  • ชั้นโคพีโพดา เช่น เหาปลา
  • ชั้นเซอร์ริพีเดีย เช่น เพรียงคอห่าน เพรียงหิน
  • ชั้นมาลาคอสตรากา เช่น กุ้งก้ามกราม กั้ง กุ้งเต้น จักจั่นทะเล ปูม้า
• ไฟลัมย่อยยูนิราเมีย มีระยางค์ซึ่งไม่มีแขนง มีแอนเทนนาคู่เดียว กรามไม่แบ่งเป็นปล้อง แบ่งเป็น
  • ชั้นไคโลโพดา เช่นตะขาบ
  • ชั้นซิมไฟลา เช่น ตะขาบฝอย
  • ชั้นดิโพลโพดา เช่น กิ้งกือ กระสุนพระอินทร์
  • ชั้นปัวโรโพดา ลักษณะโดยทั่วไปคล้ายชั้นซิมไฟลา
  • ชั้นอินเซคตา ได้แก่ แมลง เช่น ตั๊กแตน มด ปลวก เหา ชีปะขาว แมลงสาบ