อาการไม่พึงประสงค์จากการได้รับสเตรปโตมัยซินที่ต้องเฝ้าระวังและติดตามอย่างใกล้ชิดนั้นมีความคล้ายคลึงกับที่พบในยากลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์ชนิดอื่นๆ ได้แก่ การเกิดพิษต่อไต และความเป็นพิษต่อหู[13] ซึ่งอาจทำให้เกิดการสูญเสียการได้ยินชั่วคราวหรือถาวรได้ นอกจากนี้ การที่ยาส่งผลกระทบต่อระบบประสาท อาจทำให้ผู้ป่วยสูญเสียการทรงตัว จากความผิดปกติของการทำงานของระบบเวสติบูลาร์ ซึ่งเป็นผลมาจากการเกิดพยาธิสภาพที่เส้นประสาทสมองคู่ที่ 8 (vestibulocochlear nerve) ซึ่งผู้ป่วยจะมีอาการได้ยินเสียงผิดปกติในหู, อาการรู้สึกหมุน, และอาการเซ หรือภาวะกล้ามเนื้อเสียสหการ นอกจากนี้การเป็นพิษต่อไตของยานี้อาจส่งผลรบกวนการวินิจฉัยโรคไตวายได้[14] ส่วนอาการไม่พึงประสงค์อื่นที่พบได้ทั่วไป แต่ไม่มีความรุนแรงมาก ได้แก่ อาการรู้สึกหมุน, อาเจียน, ชาบริเวณใบหน้า, ไข้, และผื่น ทั้งนี้การเกิดไข้และผื่นจากยาอาจเกิดจากการได้รับยาบ่อยเกินไป[2]

ทั้งนี้ ไม่แนะนำให้ใช้ยานี้ในหญิงตั้งครรภ์ เนื่องจากยาอาจก่อให้เกิดพิษแก่ตัวอ่อนได้[2] แต่ในหญิงให้นมบุตรนั้น สามารถใช้ยานี้ได้ เนื่องจากสเตรปโตมัยซินสามารถถูกขับออกทางน้ำนมได้น้อยมาก[3] นอกจากนี้ ผู้ป่วยที่มีโรคกล้ามเนื้ออ่อนแรงชนิดร้ายเป็นโรคร่วมไม่ควรได้รับการรักษาด้วยสเตรปโตมัยซิน เนื่องจากจะทำให้อาการทางกล้ามเนื้อของผู้ป่วยแย่ลงได้[3]