สเตรปโตมัยซินถูกค้นพบครั้งแรกเมื่อวันที่ 19 ตุลาคม ค.ศ. 1943 ในห้องปฏิบัติการของมหาวิทยาลัยรัทเกอร์ส โดยอัลเบิร์ต ชาตซ์ (Albert Schatz) นักศึกษาปริญญาเอกชาวอเมริกัน ซึ่งเป็นศิษย์ของเซลมัน แวกส์มัน ในโครงการวิจัยที่ได้รับงบประมาณสนับสนุนจากบริษัทเมอร์ค[19][20] ในการศึกษาวิจัยครั้งนี้ แวกส์มันและเจ้าหน้าที่ประจำห้องปฏิบัติการของเขาได้ค้นพบยาปฏิชีวนะหลายนิด ได้แก่ แอคติโนมัยซิน , คลาวาซิน, สเตรปโตธริซิน, กริซีอิน, ฟราดิซิน, นีโอมัยซิน, แคนดิซิดิน, และแคนดิดิน ในจำนวนนี้มีเพียงสเตรปโตมัยซินและนีโอมัยซินเท่านั้นที่พบว่ามีประสิทธิภาพในการรักษาโรคที่เกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรียได้หลายชนิด โดยสเตรปโตมัยซินถือเป็นยาปฏิชีวนะชนิดแรกที่สามารถใช้รักษาวัณโรคให้หายขาดได้ และทำให้แวกส์มันได้รับรางวัลโนเบลสาขาสรีรวิทยาหรือการแพทย์ ในปี ค.ศ. 1952 ในฐานะที่เป็นผู้ค้นพบสเตรปโตมัยซิน ซึ่งถือเป็นยาปฏิชีวนะชนิดแรกที่ใช้ในการรักษาวัณโรคระยะแสดงอาการ[21] ต่อมาแวกส์มันได้รับการกล่าวโทษจาก อัลเบิร์ต ชาตซ์ ซึ่งเป็นนักศึกษาที่ทำโครงการดังกล่าวภายใต้การควบคุมดูแลของเขา ว่าตนควรมีส่วนร่วมกับสิ่งที่แวกส์มันได้จากการค้นพบสเตรปโตมัยซินในครั้งนี้[22][23][24][25]

ในช่วงหลังสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่ 2 กองทัพบกสหรัฐได้ทำการทดลองเกี่ยวกับการใช้สเตรปโตมัยซินในการรักษาโรคติดเชื้อแบคทีเรียที่รุนแรงจนเสี่ยงอันตรายแก่ชีวิตในโรงพยาบาลทหารที่เมืองแบตเทิลครีก, รัฐมิชิแกน ผู้ป่วยรายแรกที่ได้รับการรักษาด้วยสเตรปโตมัยซินนั้นได้เสียชีวิตลง ส่วนผู้ป่วยรายที่สองรอดชีวิตแต่ตาบอดจากอาการไม่พึงประสงค์ของสเตรปโตมัยซิน ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1946 ผู้ป่วยรายที่ 3 —โรเบิร์ต เจ. โดล ซึ่งได้รับบาดเจ็บอย่างสาหัสจากการสู้รบในสงครามโลกครั้งที่ 2 ที่เมืองคาสเติลดายาโน[26] หลังจากล้มเหลวจากการรักษาภาวะติดเชื้อด้วยเพนิซิลลิน เขาได้รับการรักษาต่อด้วยสเตรปโตมัยซิน และสามารถหายเป็นปกติได้ภายในระยะเวลาอันรวดเร็ว ซึ่งต่อมาเขาได้เป็นผู้ดำรงตำแหน่งประธานวุฒิสภาสหรัฐ และเป็นหนึ่งในผู้ท้าชิงตำแหน่งประธานาธิบดีสหรัฐปี ค.ศ. 1996 [27][28]

จากนั้นได้มีการทำการศึกษาแบบสุ่มแรกของสเตรปโตมัยซินซึ่งใช้ในการรักษาวัณโรคปอด ซึ่งดำเนินการศึกษาในช่วง ค.ศ. 1946 ถึง 1948 โดยสภาวิจัยทางการแพทย์ (Medical Research Council) ของสหราชอาณาจักร ภายใต้การควบคุมของ Geoffrey Marshall (1887–1982) โดยการศึกษานี้เป็นแบบการทดลองแบบสุ่มและมีกลุ่มควบคุมและมีการปกปิดทั้งสองด้าน[29] โดยผลการศึกษาพบว่า สเตรปโตมัยซินมีประสิทธิภาพในการต้านวัณโรค แม้ว่าจะมีอาการไม่พึงประสงค์เกิดขึ้นแต่ก็มีเพียงเล็กน้อย และพบปัญหาการดื้อต่อสเตรปโตมัยซินบ้างในสัดส่วนที่น้อย[30]

เนื่องจากสเตรปโตมัยซินนั้นแยกได้จากเชื้อจุลินทรีย์ในตัวอย่างดินที่ได้มาจากรัฐนิวเจอร์ซีย์ ทำให้ S. griseus ซึ่งเป็นแบคทีเรียที่มาของสเตรปโตมัยซิน ได้รับการเสนอให้เป็นเชื้อจุลินทรีย์สัญลักษณ์ของรัฐนิวเจอร์ซีย์อย่างเป็นทางการ โดยร่างกฎหมายนี้ได้รับการส่งเข้าวาระการประชุมโดยวุฒิสภา แซม ธอมพ์สัน (Senator Sam Thompson) (R-12) ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 2017 ในวาระการประชุมที่ S3190 และสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร แอนเนตต์ ควิจาโน (Annette Quijano) (D-20) ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 2017 ในวาระการประชุมที่ A31900.[31][32]