ตามประวัติกล่าวว่าผู้มาแวะที่หมู่เกาะนี้เป็นครั้งแรก คือกะลาสีเรือของชาววัฒนธรรมชิมู (Chimu) จากเปรูตอนเหนือ เมื่อปี พ.ศ. 2028 (ค.ศ. 1485) แต่จากบันทึกอย่างเป็นลายลักษณ์อักษร ถือว่าบุคคลแรกที่กล่าวถึงหมู่เกาะนี้ก็คือ บิชอปแห่งปานามา มาถึงเมื่อวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2078 (ค.ศ. 1535) อีกไม่นานต่อมา คือใน พ.ศ. 2113 (ค.ศ. 1570) หมู่เกาะกาลาปาโกสก็ปรากฏในแผนที่โลกเป็นครั้งแรก

วันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2378 ชาลส์ ดาร์วิน ได้เดินทางมาแวะที่หมู่เกาะกาลาปาโกส โดยพักอยู่ในหมู่เกาะนี้ 5 สัปดาห์ ดาร์วินได้เดินทางมากับเรือบีเกิล (Beagle) แวะที่เกาะใหญ่ 4 เกาะ คือเกาะแชแทม เกาะชาลส์ เกาะอัลเบอร์มาร์ล และเกาะเจมส์ โดยใช้เวลา 19 วันในการเก็บสะสมตัวอย่าง และสังเกตลักษณะทางพฤกษศาสตร์และสัตววิทยาของที่นี่ ดาร์วินเรียกหมู่เกาะแห่งนี้ว่า "ห้องปฏิบัติการวิวัฒนาการที่มีชีวิต" (living laboratory of evolution) ความหลากหลายและแตกต่างของสิ่งมีชีวิตในหมู่เกาะนี้ ทำให้ดาร์วินได้ความคิดเรื่องการคัดเลือกพันธุ์โดยธรรมชาติและทฤษฎีวิวัฒนาการ และเมื่อชาลส์ ดาร์วินได้ตีพิมพ์หนังสือ กำเนิดพงศ์พันธุ์ (The Origin of Species หรือชื่อเต็มว่า the Origin of Species by Means of Natural Selection) ในปี พ.ศ. 2402 (ค.ศ. 1859) ผู้คนก็รู้จักหมู่เกาะกาลาปาโกสกันมากขึ้น