สัตว์จำนวนมากในหมู่เกาะนี้เริ่มมีจำนวนลดลง รวมทั้งปลาวาฬและแมวน้ำขนเฟอร์ ซึ่งถูกจับจนเกือบสูญพันธุ์ เต่าก็ลดจำนวนลงอย่างมาก และบางชนิดถึงกับสูญพันธุ์ เพราะมีศัตรูจากถิ่นอื่นที่นักเดินเรือนำเข้ามา

หลังจากรัฐบาลเอกวาดอร์ยึดครองหมู่เกาะนี้เมื่อปี พ.ศ. 2375 (ค.ศ. 1832) ก็เริ่มมีการตั้งนิคมบนเกาะโฟลเรอานา เพื่อรักษาสิทธิ์ของตัวเองไว้ และในที่สุดก็กลายเป็นที่คุมขังนักโทษทางการเมือง ในพุทธทศวรรษ 2440 ประชากรของหมู่เกาะกาลาปาโกสมีประมาณ 600 คน โดยเริ่มตั้งนิคมบนเกาะซาน คริสโตบัล, อิซาเบลา และฟลอเรอานาค่อยๆ เพิ่ม ในช่วงนี้เองที่เริ่มมีการนำสัตว์เพื่อการพาณิชย์เข้ามา เช่น โค แพะ สุกร สุนัข ลา ม้า หนู และพืชต่าง ๆ

สมัยที่ดาร์วินมาแวะที่นี่ เพิ่งมีการตั้งนิคมได้เพียง 3 ปี แต่ก็มีสุกรและแพะจรจัดมากมายแล้ว และสัตว์เหล่านี้โดยมากจะเป็นศัตรูต่อสัตว์หรือพืชต่าง ๆ ส่วนการท่องเที่ยวนั้นแต่เดิมมีข้อจำกัดเนื่องจากสภาพจำกัดทางภูมิศาสตร์ แต่ปัจจุบันมีธุรกิจท่องเที่ยวนำเที่ยวหมู่เกาะกาลาปาโกสอย่างกว้างขวาง ศูนย์กลางการบริหารหมู่เกาะกาลาปาโกสอยู่ที่เมืองปวยร์โตบาเกรีโซโมเรโน (Puerto Baquerizo Moreno) บนเกาะซานกริสโตบัล