ชื่อเสียงของหมู่เกาะนี้เริ่มต้นที่ลักษณะอันน่าแปลกของสัตว์บนเกาะต่าง ๆ นั่นเอง โดยเฉพาะเต่ายักษ์ ซึ่งภาษาสเปนโบราณเรียกว่า กาลาปาโก (galápago) อันเป็นที่มาของชื่อหมู่เกาะนี้ (galápagos เป็นรูปพหูพจน์) เต่าเหล่านี้คาดว่ามีอายุยืนที่สุดในบรรดาสัตว์โลกปัจจุบัน สัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำแทบจะไม่มีเลย สัตว์เลื้อยคลานมีน้อย ส่วนสัตว์บกท้องถิ่นมีสัตว์ฟันแทะเพียง 7 ชนิด และค้างคาวอีก 2 ชนิด ส่วนนกบนเกาะเหล่านี้มีเพียง 80 ชนิดและชนิดย่อย นกที่พบมากที่สุด (ไม่นับนกน้ำ) คือนกฟินช์กาลาปาโกส หรือนกฟินช์ดาร์วิน นั่นเอง

สาเหตุที่สัตว์บนหมู่เกาะกาลาปาโกสเป็นที่น่าสนใจของนักวิทยาศาสตร์ ก็เพราะ 1) มีเปอร์เซ็นต์สัตว์ท้องถิ่นสูงมาก 2) สัตว์ชนิดต่าง ๆ ได้พัฒนาเป็นชนิดย่อยของมันเองในแต่ละเกาะ 3) นกฟินช์กาลาปาโกสได้พัฒนาตนเองขึ้นหลายชนิดจากบรรพบุรุษเดียวกัน โดยมีความแตกต่างสำคัญที่จะงอยปาก 4) มีสัตว์อื่นๆ อีกมากที่พัฒนาตัวเองโดยปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อม เช่น อีกัวน่าทะเลที่ว่ายน้ำได้ จะกินพืชทะเลเป็นอาหาร นอกจากนี้ยังมีนกกาน้ำที่บินไม่ได้ 5) เต่ายักษ์ที่เคยแพร่พันธุ์บนทวีป แต่ปัจจุบันสูญพันธุ์ไปแล้ว เหลืออยู่เพียงบนเกาะขนาดใหญ่ นอกจากนี้ยังมีสัตว์ในเขตแอนตาร์กติก เช่นเพนกวิน และแมวน้ำขนเฟอร์ ซึ่งอาศัยอยู่บนเกาะเหล่านี้เคียงข้างกับสัตว์เขตร้อนได้

ผู้คนที่ตั้งชุมชนบนหมู่เกาะนี้มักเป็นชาวเอกวาดอร์ โดยมากจะเป็นบนเกาะซันกริสโตบัล ซันตามาเรีย อีซาเบล และซันตากรูซ บางเกาะนั้นไม่มีมนุษย์อยู่เลย รายได้หลักของที่นี่มาจากการท่องเที่ยว ประมง และเกษตรกรรม เมื่อ พ.ศ. 2513 หมู่เกาะกาลาปาโกสมีประชากรทั้งหมดไม่เกิน 6,000 คน ซึ่งเป็นเจ้าหน้าที่ของรัฐที่มาอาศัยชั่วคราวพร้อมครอบครัว และเมื่อปี พ.ศ. 2532 มีประชากรทั้งหมดประมาณ 10,000 คน