หม่อมหลวงปิ่น มาลากุล ถึงแก่อสัญกรรมเมื่อวันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2538 สิริอายุได้ 91 ปี 11 เดือน 11 วัน โดยได้รับพระทานโกศไม้สิบสองบรรจุศพ ตั้งศพไว้ที่ศาลาบัณรสภาค วัดเบญจมบพิตรดุสิตวนาราม โดยสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และ สมเด็จพระเจ้าภคินีเธอ เจ้าฟ้าเพชรรัตนราชสุดา สิริโสภาพัณณวดี ทรงพระกรุณาเสด็จไปสดับพระพิธีธรรมสวดพระอภิธรรมศพ และได้รับพระราชทานเพลิงศพที่เมรุหลวงหน้าพลับพลาอิศริยาภรณ์ วัดเทพศิรินทราวาส เมื่อวันที่ 30 มิถุนายน 2539 หลังจากท่านถึงแก่อสัญกรรม มหาวิทยาลัยศิลปากร พระราชวังสนามจันทร์ โดยความร่วมมือกันของคณะผู้บริหาร คณาจารย์ สมาคมนักศึกษาเก่ามหาวิทยาลัยศิลปากร ได้ร่วมกันจัดสร้างอนุสาวรีย์หม่อมหลวงปิ่น มาลากุล ประดิษฐานที่บริเวณข้างสำนักงานอธิการบดี ลานหม่อมหลวงปิ่น มาลากุล โดยกราบบังคมทูลพระกรุณา สมเด็จพระเจ้าภคินีเธอ เจ้าฟ้าเพชรรัตนราชสุดา สิริโสภาพัณณวดี เสด็จมาทรงเปิดอนุสาวรีย์และได้ถือเอาวันที่ 24 ตุลาคม ของทุกปีเป็นวันหม่อมหลวงปิ่น มาลากุล โดยจัดให้มีการตักบาตร และจุดธูปเทียน วางพวงมาลัยสักการะรำลึกที่บริเวณลานอนุสาวรีย์เป็นประจำทุกปี และได้จัดตั้งห้องเกียรติยศหม่อมหลวงปิ่น มาลากุล ที่บริเวณชั้น ๔ อาคารหม่อมหลวงปิ่น มาลากุล โดยภายในจัดแสดงหนังสือที่ท่านแต่งขึ้น โต๊ะทำงาน ของสะสม เครื่องราชอิสริยาภรณ์ และครุยวิทยฐานะตลอดจนสิ่งของเครื่องใช้ต่าง ๆ

เมื่อวันที่ 2 พฤศจิกายน พ.ศ. 2544 ท่านได้รับการประกาศเชิดชูเกียรติจากองค์การยูเนสโกยกย่องท่านเป็น "นักการศึกษาดีเด่นของโลก ในสาขาวรรณกรรมและสื่อสาร" ถือเป็นความภาคภูมิใจของชาวเตรียมอุดมทุกคน โรงเรียนเตรียมอุดมศึกษา อัญเชิญรูปปั้น ฯพณฯ ศ.หม่อมหลวงปิ่น มาลากุล จากหอวชิราวุธานุสรณ์ มาประดิษฐาน ห้อง 57 ตึก 1 เมื่อวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2545

ในวันที่ 24 ตุลาคม พ.ศ. 2546 เป็นวาระครบรอบ 100 ปีของ ฯพณฯ ศาสตราจารย์ หม่อมหลวงปิ่น มาลากุลโรงเรียนเตรียมอุดมศึกษาจึงดำริที่จะจัดกิจกรรมต่าง ๆ เพื่อน้อมรำลึกถึงพระคุณของท่าน นับแต่นี้ต่อไปก็จะมีเพียงการสานต่อแนวความคิดของ ฯพณฯ ให้ปรากฏเป็นผลสมเจตจำนง อย่างเป็นรูปธรรม เพื่อประโยชน์ของเยาวชน และสังคมไทยตลอดไป