หลังวิกฤตการณ์การเงินในเอเชีย พ.ศ. 2540 หรือที่เรียกรู้จักกันทั่วไปว่า “วิกฤติต้มยำกุ้ง” นำไปสู่การระงับการดำเนินกิจการสถาบันการเงินไทย รวม 58 แห่ง และได้มีการตั้งองค์การเพื่อการปฏิรูประบบสถาบันการเงิน หรือ ปรส. ขึ้นชุดแรกเมื่อวันที่ 28 ตุลาคม 2540  ในสมัยรัฐบาลพลเอกชวลิต ยงใจยุทธ กำกับดูแลสถาบันการเงินที่ถูกระงับการดำเนินกิจการ ให้ความคุ้มครองแก่ผู้ฝากเงินและเจ้าหนี้สุจริต รวมทั้งชำระบัญชีของสถาบันการเงินในกรณีที่ไม่อาจดำเนินกิจการต่อไปได้

ดร.วีรพงษ์ รามางกูร ซึ่งขณะนั้นดำรงตำแหน่งรองนายกรัฐมนตรีด้านเศรษฐกิจ ในสมัยรัฐบาลพลเอกชวลิต ยงใจยุทธ ได้มาขอร้องให้นายอมเรศช่วยดูแลองค์การเพื่อการปฏิรูประบบสถาบันการเงิน (ปรส.) หลังจากดำเนินการได้ระยะหนึ่ง เกิดปัญหาการแทรกแซงทางการเมือง นายอมเรศและกรรมการทั้งหมดจึงขอลาออก ต่อมา พ.ศ. 2541 นายธารินทร์ นิมมานเหมินทร์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังได้ขอให้นายอมเรศกลับไปรับตำแหน่งประธาน ปรส. อีกครั้ง โดยนายชวน หลีกภัย นายกรัฐมนตรีได้โทรศัพท์มารับรองว่า "ถ้าคุณอมเรศรับ ผมรับรองว่าจะไม่มีการแทรกแซงทางการเมือง"[13]

ภายหลังจาก ปรส. ได้ประมูลขายทรัพย์สินของ 56 สถาบันการเงินที่ถูกปิดกิจการ มีการกล่าวหาคณะกรรมการและผู้บริหารของปรส.ต่อคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ หรือ ป.ป.ช. รวม 6 เรื่องผลการไต่สวนข้อเท็จจริงปรากฏว่ากรณีกล่าวหาคณะกรรมการปรส.และผู้บริหาร ปรส. คณะกรรมการป.ป.ช.พิจารณาแล้วเห็นว่าข้อกล่าวหาไม่มีมูล มีมติให้ข้อกล่าวหาตกไป จำนวน 3 เรื่อง และมีมติไม่ยกขึ้นพิจารณา เนื่องจากเป็นกรณีที่ศาลประทับรับฟ้องไว้แล้วและอยู่ระหว่างการพิจารณาของศาลจำนวน 1 เรื่อง

ต่อมา พนักงานอัยการฝ่ายคดีพิเศษ 4 เป็นโจทก์ฟ้องนายอมเรศ และนายวิชรัตน์ พร้อมพวกรวม 6 คน เป็นจำเลยในความผิดฐานกระทำผิด พ.ร.บ.ว่าด้วยความผิดของพนักงานในองค์การหรือหน่วยงานของรัฐ พ.ศ. 2502 มาตรา 11 จากกรณีไม่เรียกเก็บเงินงวดแรกในการขายสินทรัพย์ให้กับบริษัทเลห์แมน บราเธอร์ส โฮลดิ้งส์ อิงค์ ซึ่งเป็นจำเลยที่ 3 ในคดีนี้ จำนวน 2,304 ล้านบาท ตามหลักเกณฑ์ที่กำหนดไว้เมื่อปี 2541ซึ่งศาลชั้นต้น พิพากษาจำคุกนายอมเรศ และนายวิชรัตน์ 2 ปี ปรับ 20,000 บาท โทษจำคุกให้รอการลงโทษ 3 ปี ส่วนจำเลยที่ 3-6 ยกฟ้อง ต่อมาเมื่อปี 2557 ศาลอุทธรณ์พิพากษาแก้ ยกฟ้องนายอมเรศ และนายวิชรัตน์ในปี พ.ศ. 2559 ศาลฎีกาได้มีคำพิพากษาคดีที่เขา ในฐานะอดีตประธานคณะกรรมการปฏิรูประบบสถาบันการเงิน (ปรส.) และนายวิรัตน์ วิจิตรวาทการ ในฐานะเลขาธิการ ปรส. ปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ กรณีขายสินทรัพย์สถาบันการเงิน 56 แห่ง โดยพิพากษาให้จำคุก 2 ปี และปรับ 20,000 บาท แต่โทษจำคุกให้รอลงอาญา 3 ปี

นายอมเรศได้ให้สัมภาษณ์สื่อมวลชนว่า “ที่ผ่านมาตนทำงานเพื่อส่วนร่วมมาโดยตลอด ตั้งแต่สมัยเป็นรัฐมนตรีและประธาน ปรส. หลังจากนี้ตนจะกลับไปบอกลูกหลานว่าไม่แนะนำให้ทำงานเพื่อส่วนรวม หรือถ้าคิดจะทำอะไรให้ส่วนรวมก็ต้องคิดให้ดีๆ และจะต้องเตรียมป้องกันตัวให้ดี”[14]