นายอมเรศ ศิลาอ่อน ให้ความสำคัญด้านการศึกษา เริ่มต้นจากสมัยเป็นผู้อำนวยการฝ่ายขาย บริษัท ปูนซิเมนต์ไทย จำกัด ได้มีนักศึกษาแพทย์เขียนจดหมายบรรยายถึงความยากลำบากในการเล่าเรียน ซึ่งขณะนั้นยังไม่มีทุนการศึกษาสำหรับนักศึกษาแพทย์ นายอมเรศจึงรวบรวมเงินจากเพื่อนนักเรียนนอกประมาณ 20 คน มอบเป็นค่าเล่าเรียนแก่นักศึกษาแพทย์ผู้นั้น จนปัจจุบันเป็นแพทย์ประจำอยู่ต่างจังหวัด

ขณะดำรงตำแหน่งรัฐมนตรี เพื่อนจากอัสสัมชัญพาณิชย์มาชักชวนตั้งมูลนิธิเพื่อการศึกษา คือ “มูลนิธิโรเกชั่น” เพื่อเป็นอนุสรณ์แด่บราเธอร์โรเกชั่น ผู้ก่อตั้งโรงเรียนอัสสัมชัญพาณิชย์ ในเบื้องต้น ได้ให้ทุนการศึกษาแก่นักเรียนอัสสัมชัญพาณิชย์ที่ยากจน และเปลี่ยนมาให้ทุนการศึกษาแก่ผู้ที่ร่ำเรียนวิชาชีพครู โดยเฉพาะครูคณิตศาสตร์และครูภาษาอังกฤษที่ยังขาดแคลนอยู่

ดร.วิจิตร ศรีสอ้าน เห็นว่า นายอมเรศสนใจเรื่องการศึกษา จึงชักชวนให้ไปเป็นประธานกรรมการทบวงมหาวิทยาลัย ซึ่งปัจจุบันเปลี่ยนเป็น สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา หลังจากนั้น ดร.รุ่ง แก้วแดง ซึ่งขณะนั้นดำรงตำแหน่งเลขาธิการสภาการศึกษามาชักชวนให้ไปเป็นประธานกรรมการบริหารสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา หรือ สมศ. มีฐานะเป็นองค์กรมหาชน ทำหน้าที่ประเมินคุณภาพภายนอกของสถานศึกษาทุกแห่งของประเทศไทย ทั้งในระดับการศึกษาขั้นพื้นฐาน ด้านการอาชีวศึกษา และระดับอุดมศึกษา นอกจากนั้น นายอมเรศยังเคยดำรงตำแหน่งในอีกหลายองค์กรการศึกษา อาทิ กรรมการสภาการศึกษาแห่งชาติ และกรรมการสภามหาวิทยาลัยอีกหลายแห่งปัจจุบันได้ลาออกหมดทุกตำแหน่งแล้ว