1. ราชวงศ์ศรีวังสา[16][17][18]

• การเปลี่ยนผ่านอำนาจทางการเมืองในช่วงปี พ.ศ. 2184 ดินแดนมลายูขณะนั้นได้เกิดความขัดแย้งทางการเมืองทั้งภายในและภายนอก ที่เป็นรูปแบบการต่อสู้แย่งชิงความเป็นใหญ่หรือเป็นผู้นำสมาพันธรัฐในคาบสมุทรมลายู โดยเหตุการณ์นี้เริ่มทวีความรุนแรงมากขึ้นเรื่อยๆ จนเกิดความวุ่นวายต่างๆและสถานการณ์ที่มีความซับซ้อน ซึ่งส่งผลกระทบต่อเศรษฐกิจในบรรดารัฐการค้าแถบคาบสมุทรมลายูอย่างมหาศาล เนื่องจากความพยายามเข้าไปมีบทบาททางการเมืองของกลุ่มขั้วอำนาจเกิดใหม่ในการแข่งขันทางการค้าและด้านแสนยานุภาพทางการทหารครั้งนี้ อย่างเช่น. รัฐซิงโฆรา รัฐเคดาห์ เมืองพัทลุง เป็นต้น[20][21]

• เมื่อปี พ.ศ.2187 เกิดความโกลาหลภายในราชสำนักปัตตานี -เนื่องจากการแทรกแซงของรัฐอาเจะห์ โดยอาศัยช่องทางผ่านการอภิเษกสมรสครั้งใหม่ระหว่าง รายากูนิง กับ" ยังดีเปอร์ตวนมูดา รายาบาเจา(Yang Dipertuan Muda Raja Bajau) "มกุฏราชกุมารแห่งรัฐยะโฮร์ ซึ่งในเวลาต่อมากลับไปตกหลุมรักนางบำเรอที่ชื่อ" ดังซีรัต(Dang Sirat)"[22] จนหัวปักหัวปำถึงขั้นกล้าหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ อันเป็นการเหยียบย้ำจิตใจของชาวปัตตานีทั้งแผ่นดิน[23]

• เมื่อเดือนเมษายน พ.ศ. 2188 ขุนนางปัตตานีที่จงรักภักดีต่อพระราชินี หมดความอดทนกับพฤติกรรมที่ไม่เหมาะสมของมกุฎราชกุมารแห่งยะโฮร์และผู้ติดตามชาวอาเจะห์ จึงได้ลุกขึ้นต่อต้านพวกเขาจนกระทั่งเกิดโศกนาฏกรรมการสังหารหมู่ชาวยะโฮร์และชาวอาเจะห์ ที่หมู่บ้านปาซีร์(Pasir)[24]

• เมื่อวันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ.2188 รายากูนิง ราชินีแห่งปัตตานีได้ส่งพระราชสาส์นถึงกรุงศรีอยุธยา ซึ่งเป็นสิ่งที่บงชี้ว่า พระองค์ประสบความสำเร็จในการฟื้นฟูระบอบราชาธิปไตยแบบเดิม โดยสามารถเข้าควบคุมสถานการณ์ดังกล่าวให้กลับคืนสู่ภาวะปกติได้อีกครั้ง[25]

• ในปี พ.ศ.2203 เกิดข้อพิพาทระหว่าง อาณาจักรปัตตานี กับ รัฐซิงโฆรา สงครามนี้เกิดขึ้นเพื่อชิงความเป็นใหญ่ในน่านน้ำคาบสมุทรมลายู จนเกิดสงครามยุทธนาวีย่อยๆอยู่หลายครั้ง ซึ่งเป็นสงครามที่ยืดเยื้อมานานหลายสิบปี และการสู้รบครั้งใหญ่เกิดขึ้นสามครั้ง ได้แก่ ในปี พ.ศ.2212 , พ.ศ.2214 และ พ.ศ.2217[26]

• ในส่วนความขัดแย้งทางการเมืองภายในปัตตานีขณะนั้น เกิดการก่อกบฏขึ้นภายในราชสำนักโดยกลุ่มคณะรัฐประหารภายใต้การนำของรายากาลี ที่ใช้กำลังทางทหารเข้ายึดอำนาจจากรัฐบาลของรายากูนิง แต่ความพยายามในการรัฐประหารครั้งนี้ประสบความล้มเหลว[27] นอกจากนี้ยังมีข้อมูลตามตำนานมุขปาฐะได้กล่าวกันว่า ในปี พ.ศ. 2192-พ.ศ. 2196 ความขัดแย้งในอาณาจักรปัตตานีเกิดจากการเข้ามามีอิทธิพลของรายาศักตีจากกลันตัน ที่ได้รับการสนับสนุนจากราชสำนักอยุธยาในการโค่นล้มรายากูนิง โดยฉวยโอกาสก่อการกบฏในช่วงที่การเมืองภายในปัตตานีกำลังเผชิญปัญหาวิกฤตจากการแทรกแซงของชาวอาเจะห์และอยุธยา[28]

• สิ้นสุดเชื้อสายราชวงศ์ศรีวังสา. ในช่วงบั้นปลายชีวิตของรายากูนิง ขณะที่พระองค์ทรงครองราชย์หลังจากผ่านพ้นวิกฤติเหล่านั้นได้ไม่นาน รายากูนิงเริ่มมีพระอาการประชวรสาหัสจนเสด็จสวรรคต โดยไม่มีโอรสหรือธิดาที่จะสืบราชสันตติวงศ์ และมิได้มีการสถาปนาตำแหน่งมกุฏราชกุมารเพื่อขึ้นครองราชย์เป็นประมุขแห่งรัฐสืบต่อจากพระองค์. รายากูนิงจึงเป็นประมุของค์สุดท้ายแห่งอาณาจักรปัตตานีที่สืบเชื้อสายมาจากราชวงศ์ศรีวังสา และมีการเฉลิมพระนามถวายแด่พระองค์ภายหลังเสด็จสวรรคตว่า" มัรฮูมเบอซาร์ " เนื่องจากพระองค์เคยอภิเษกสมรสกับ ยังดีเปอร์ตวนเบอซาร์ รายาบูจัง(Yang Dipertuan Besar Raja Bujang) ประมุขแห่งรัฐยะโฮร์. หลังจากนั้นเหล่าบรรดาเสนาบดีทั้งปวงมารวมตัวกันประชุมเพื่อหารือเรื่องในการแต่งตั้งประมุของค์ใหม่ จึงได้มีการอันเชิญผู้ที่มีเชื้อสายเจ้าเมืองจากกลันตัน ให้ขึ้นมาเป็นประมุขแห่งอาณาจักรปัตตานีสืบไป[29]

1. ราชวงศ์กลันตันที่หนึ่ง.[30](ประมุขหุ่นเชิด)[31] ประมุขทุกพระองค์ในราชวงศ์กลันตันจะต้องผ่านการรับรองหรือได้รับการแต่งตั้งโดยเหล่าบรรดาเสนาบดีผู้ทรงอิทธิพลในปัตตานี ซึ่งมีตำแหน่งเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์.

ภายใต้การปกครองของสยาม