หลักฐานของจีนกล่าวว่า ฟูนันตั้งขึ้นโดยพราหมณ์โกณธัญญะ (Kaundinya) ผู้มีอิทธิพลเหนือชาวพื้นเมืองและได้แต่งงานกับนางพระยาหลิวเหย่ (Lieo-Yeh) ของแคว้นนี้ เมื่อคริสต์ศตวรรษที่ 1 ฟูนันอยู่ในลุ่มแม่น้ำโขงตอนใต้ เมืองหลวงชื่อ วยาธปุระ (Vyadhapura) แปลว่า เมืองของกษัตริย์นายพราน (The city of the hunter king) ชื่อของฟูนันเทียบกับภาษาเขมร คือ พนม บนม หรือภูเขา ผู้ปกครองของฟูนัน เรียกว่า กูรุง บนม (Kurung Bnam) คือ เจ้าแห่งภูเขา (King of the Mountain) วยาธปุระ อยู่ใกล้เขาบาพนม (Ba Phnom) และมีเมืองท่าชายทะเลที่สำคัญ คือ เมืองออกแก้ว มีแม่น้ำสายยาว 200 กิโลเมตรต่อเชื่อมเมืองท่าออกแก้วกับเมืองวยาธปุระ

เนื่องจากเมืองหลวงตั้งอยู่ส่วนสูงสุดของสามเหลี่ยมปากแม่น้ำโขง ใกล้ภูเขาบาพนมตรงที่แม่น้ำทะเลสาบไหลมารวมกัน จึงช่วยระบายน้ำในทะเลสาบไปยังพื้นที่ทางทิศตะวันตกซึ่งช่วยในการเพาะปลูกได้ดี สถานที่ตั้งทางด้านยุทธศาสตร์ของฟูนัน ทำให้สามารถควบคุมช่องแคบเดินเรือที่เชื่อมฝั่งทะเลของอ่าวไทยเข้ากับทะเลอันดามันและเมืองท่าต่าง ๆ ของจีนทางตอนใต้ เห็นได้ชัดว่าได้ให้ความมั่งคั่งและอิทธิพลทางการเมืองอย่างสำคัญยิ่ง ทำให้ฟูนันมีอำนาจปกครองเหนือเมืองลังกาสุกะ (Langkasuka มีเมืองหลวงอยู่ที่เมืองปัตตานี) และเมืองตามพรลิงก์ (Tambralinga มีเมืองหลวงอยู่ที่นครศรีธรรมราชหรือไชยา) เมืองทั้งสองตั้งอยู่สองฝั่งเส้นทางเดินเรือค้าขายที่สำคัญ ฟูนันยังมีอำนาจเหนือเจนละ ซึ่งอยู่ตอนเหนือของฟูนัน ฟูนันปกครองเหนือดินแดนในอินโดจีนส่วนใหญ่ถึงห้าศตวรรษ

การขนส่งภายในฟูนันใช้ทางน้ำเป็นสำคัญ ประชากรอาศัยอยู่ริมฝั่งน้ำปลูกบ้านแบบใต้ถุนสูง กีฬาที่โปรดปราน คือ การชนไก่ ชนหมู ภาษีอากรจ่ายเป็นทอง เงิน ไข่มุก น้ำหอม ฟูนันได้ติดต่อค้าขายกับตะวันตกด้วย เพราะจากการขุดค้นได้พบรากฐานของอาคารหลายแห่งที่เมืองออกแก้ว ได้พบหลักฐานความสัมพันธ์ระหว่างฟูนันกับตะวันตก เช่น เหรียญโรมันต่าง ๆ มีรูปจักรพรรดิโรมัน แหวนจารึกภาษาอินเดีย สมัยคริสต์ศตวรรษที่ 2 – 5 หินสลักรูปต่าง ๆ ที่ได้แบบมาจากกรีก อาณาจักรฟูนันหรือฟูนันล่มสลายลงในพุทธศตวรรษที่ 11