สมัยเอกราช

เมื่อพระเจ้าสุริยวงศาธรรมิกราชแห่งนครเวียงจันทน์เสด็จสวรรคต พระยาเมืองจันผู้เป็นเสนาบดีได้ชิงเอาราชสมบัติ และจะเอานางสุมังคลา พระราชนัดดาของสมเด็จพระเจ้าสุริยวงศาธรรมิกราช ซึ่งเป็นแม่หม้ายและมีลูกในครรภ์ขึ้นเป็นเมีย แต่นางไม่ยอมจึงหนีไปขอความช่วยเหลือจากพระครูยอดแก้วโพนสะเม็ก พระครูจึงพาญาติโยมของตนประมาณ 3,000 คนและนางสุมังคลาหนีออกจากเวียงจันทน์ไปซ่อนอยู่ที่เมืองบริคัณฑนิคม แล้วจึงให้กำเนิดบุตรชื่อว่า เจ้าหน่อกษัตริย์

ต่อมานางแพงเจ้าเมืองจำปาศักดิ์ จึงได้อาราธนาพระครูยอดแก้วมาปกครองบ้านเมืองแทน แต่ไม่นานต่อมาพระครูก็ให้คนไปเชิญเอาเจ้าหน่อกษัตริย์ มาทำพิธีอภิเษกเป็นกษัตริย์ครองนครจำปาศักดิ์ในปี พ.ศ. 2257 ทรงพระนามว่า สมเด็จพระเจ้าสร้อยศรีสมุทรพุทธางกูร พระองค์จึงได้ประกาศอาณาเขตแยกออกจากเวียงจันทน์ นับตั้งแต่เมืองมุกดาหาร เมืองนครพนม เมืองสุวรรณภูมิ เมืองยโสธร เมืองเชียงแตง เมืองสาละวัน เมืองศรีนครเขต เมืองคำทอง เมืองตะโปน เมืองอัตตะปือ เมืองโขงเจียม เมืองดอนมดแดง เมืองศรีจำปัง เมืองรัตนบุรี เป็นต้น

เมื่อสมเด็จพระเจ้าสร้อยศรีสมุทร เสด็จสวรรคตใน พ.ศ. 2281 เจ้าไชยกุมารพระราชโอรสจึงเสด็จขึ้นครองราชย์ แลแต่งตั้งให้เจ้าธัมมเทโว พระราชอนุชาให้เป็นเจ้าอุปราช ต่อมากองทัพไทยได้ยกมาตีเวียงจันทน์ใน พ.ศ. 2321 ได้ยกกองทัพผ่านมาทางเมืองจำปาศักดิ์ และตีเอาเมืองจำปาศักดิ์ได้โดยง่าย เพราะสมเด็จพระเจ้าไชยกุมารยอมออกมาอ่อนน้อมโดยไม่มีการต้อสู้ นครจำปาศักดิ์ที่แยกตัวออกจากเวียงจันทน์และรักษาเอกราชได้เพียง 64 ปี ก็สูญเสียเอกราชให้แก่ฝ่ายไทย เช่นเดียวกับเวียงจันทน์และหลวงพระบาง

สมัยภายใต้การปกครองของไทย

หลังอาณาจักรล้านช้างจำปาศักดิ์ตกเป็นประเทศราชของไทยแล้ว ต่อมาในปี พ.ศ. 2334 ได้เกิดกบฏขึ้นในนครจำปาศักดิ์ทำให้เจ้าไชยกุมารต้องเสด็จหนีแล้วไปสวรรคตในป่า แต่ท้าวฝ่ายหน้าแห่งบ้านสิงห์ท่า (เมืองยโสธร) กับพระปทุมสุรราช (คำผง) เจ้าเมืองอุบล ได้ยกกองกำลังไปปราบกบฏและตีเอาเมืองจำปาศักดิ์คืนมาได้ ทำให้ท้าวฝ่ายหน้าได้รับแต่งตั้งจากไทยให้เป็นเจ้านครจำปาศักดิ์มีนามว่า พระวิไชยราชขัตติยวงศา

เมื่อพระวิไชยราชขัตติยวงศาถึงแก่กรรมใน พ.ศ. 2350 ฝ่ายไทยจึงได้แต่งตั้งเจ้านู พระราชโอรสของสมเด็จพระเจ้าไชยกุมาร ขึ้นเป็นเจ้าเมืองแทน แต่ก็ถึงแก่พิราลัย หลังรับสุพรรณบัตรเจ้าเมืองได้เพียง 3 วัน ฝ่ายไทยจึงได้แต่งตั้งให้เจ้าหมาน้อย โอรสของเจ้าอุปราชสุริโย เป็นเจ้านครจำปาศักดิ์ ต่อมาเกิดกบฏอ้ายสาเกียดโง้งขึ้นในเมือง ทำให้เจ้าหมาน้อยถูกส่งตัวลงไปยังกรุงเทพฯ และได้ถึงแก่กรรมที่กรุงเทพฯ ในปี พ.ศ. 2370 เจ้าราชบุตรโย้ โอรสของเจ้าอนุวงศ์ ที่มีความชอบจากการปราบกบฏอ้ายสา จึงได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้านครจำปาศักดิ์ แต่เมื่อเกิดเหตุการณ์กบฏเจ้าอนุวงศ์ขึ้น เจ้าราชบุตรโย้จึงถูกเจ้าฮุยจับตัวส่งให้แก่ทางกรุงเทพฯ เจ้าฮุยจึงได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้านครจำปาศักดิ์ใน พ.ศ. 2371

เมื่อเจ้าฮุยถึงแก่พิราลัยใน พ.ศ. 2384 เจ้านาคผู้เป็นอุปราชจึงได้ครองเมืองสืบแทน จนถึงแก่พิราลัยด้วยอหิวาตกโรคใน พ.ศ. 2396 ทางฝ่ายไทยจึงได้แต่งตั้งเจ้าคำใหญ่ ผู้เป็นโอรสของเจ้าฮุย ขึ้นเป็นเจ้านครจำปาศักดิ์ มีนามว่า เจ้ายุติธรรมธร (คำใหญ่) จนถึง พ.ศ. 2402 ก็ถึงแก่กรรม เจ้าคำสุกผู้เป็นอนุชาจึงได้เป็นเจ้านครจำปาศักดิ์สืบแทน มีพระนามว่า เจ้ายุติธรรมธร (คำสุก) พระองค์ได้ส่งบุตรชายทั้ง 3 ไปยังกรุงเทพฯจนได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์ทั้งสามคนได้แก่ เจ้าราชดนัย (หยุย) เจ้าศักดิ์ประสิทธิ์ (เจ้าเบง) และเจ้าศักดิ์ประเสริฐ (เจ้าอุย)

เมื่อเกิดกรณีพิพาทไทย-ฝรั่งเศส ฝ่ายไทยได้ยกดินแดนฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงให้แก่ฝรั่งเศสในปี พ.ศ. 2446 เมื่อเจ้ายุติธรรมธร (คำสุก) ถึงแก่พิราลัย เจ้าราชดนัย (หยุย) ก็ได้รับแต่งตั้งจากฝรั่งเศสให้เป็นผู้ว่าการนครจำปาศักดิ์ ดังนั้นอาณาจักรล้านช้างจำปาศักดิ์จึงมีฐานะเป็นอาณานิคมของฝรั่งเศส