แทนที่จะพยายามจัดสมัยของไมนอสตามเวลาของปฏิทิน นักโบราณคดีใช้วิธีสองวิธีในการลำดับเวลาสัมพันธ์ (relative chronology) วิธีแรกคิดขึ้นโดยอีแวนส์และต่อมาประยุกต์โดยนักโบราณคดีคนอื่น ๆ ที่เป็นการลำดับเวลาโดยการศึกษาลักษณะของเครื่องปั้นดินเผา ซึ่งทำให้แบ่งอารยธรรมไมนอสออกได้เป็นสามสมัย ไมนอสตอนต้น (Early Minoan (EM) ), ไมนอสตอนกลาง (Middle Minoan (MM) ) และ ไมนอสตอนปลาย (Late Minoan (LM) ) แต่ละช่วงเวลาก็แบ่งย่อยออกไปอีก เช่น ไมนอสตอนต้น 1, 2 และ 3 (EMI, EMII, EMIII) วิธีลำดับเวลาอีกวิธีหนึ่งเสนอโดยนักโบราณคดีชาวกรีกนิโคลัส พลาทอน (Nicolas Platon) ลำดับเวลาโดยการศึกษาการวิวัฒนาการของกลุ่มสถาปัตยกรรมที่เรียกว่า "ปราสาท" ที่คนอสซอส (Knossos), ไฟสทอส (Phaistos), มาลิอา (Malia), คาโทซาครอส (Kato Zakros) ที่แบ่งสมัยอารยธรรมออกเป็น สมัยก่อนปราสาท (Prepalatial), สมัยปราสาทเก่า (Protopalatial), สมัยปราสาทใหม่ (Neopalatial) และสมัยหลังปราสาท (Post-palatial) ความสัมพันธ์ระหว่างระบบลำดับเวลาทั้งสองวิธีแสดงในตารางประกอบ โดยผูกกับเวลาของปฏิทินโดยประมาณโดยวอร์เร็นและแฮงคีย์ (1989).

การระเบิดของภูเขาไฟธีรา (Minoan eruption) อันเป็นการระเบิดระดับ 6 หรือ 7 ของดัชนีการระเบิดของภูเขาไฟ (Volcanic Explosivity Index) เกิดขึ้นในสมัยไมนอสตอนปลาย แต่เวลาของการระเบิดตามปฏิทินเป็นข้อที่ยังไม่เป็นที่ตกลงกันได้ จากการหาอายุจากคาร์บอนกัมมันตรังสี (Radiocarbon dating) ระบุว่าเกิดเป็นการระเบิดที่ขึ้นราวปลายทศวรรษ 1600 ก่อนคริสต์ศักราช[3][4] แต่เวลาที่ระบุโดยการหาอายุจากคาร์บอนกัมมันตรังสีค้านกับการคำนวณโดยนักโบราณคดีผู้เปรียบเวลาการระเบิดกับปฏิทินอียิปต์ ที่ระบุว่าเกิดขึ้นระหว่างปี 1525 ถึงปี 1500 ก่อนคริสต์ศักราช[5][6][7] การระเบิดของภูเขาไฟมักจะเห็นกันว่าเป็นเหตุการณ์ที่มีผลกระทบกระเทือนอันรุนแรงต่อวัฒนธรรมของไมนอสที่นำไปสู่การล่มสลายอย่างรวดเร็ว ที่อาจจะเป็นเหตุการณ์เดียวกับที่บรรยายในตำนานแอตแลนติสของกรีก