พระราชินีอาลีเยนอร์มีพระชนมายุยืนกว่าพระเจ้าริชาร์ดและเลยต่อไปยังรัชสมัยของพระราชโอรสองค์เล็กที่สุดพระเจ้าจอห์น ในปี ค.ศ. 1199 ภายใต้สัญญาสงบศึกระหว่าง พระเจ้าฟิลิปที่ 2 แห่งฝรั่งเศสและพระเจ้าจอห์นมีข้อตกลงว่าหลุยส์รัชทายาทพระชนมายุ 12 พรรษาของพระเจ้าฟิลิปจะต้องแต่งงานกับพระนัดดาองค์หนึ่งของพระเจ้าจอห์นจากคาสตีลในประเทศสเปนปัจจุบัน พระเจ้าจอห์นจึงทรงส่งพระราชินีอาลีเยนอร์ผู้ขณะนั้นมีพระพระชนมายุ 77 พรรษาให้เป็นผู้แทนพระองค์ในการเดินทางจากปัวตีเยไปคาสตีลเพื่อไปเลือกเจ้าหญิงองค์หนึ่งสำหรับหลุยส์ อาลีเยนอร์ทรงถูกซุ่มโจมตีและทรงถูกจับนอกปัวตีเยโดยอิวที่ 9 แห่งลูซิยอง (Hugh IX of Lusignan) หลังจากอาลีเยนอร์ได้รับการปล่อยตัวหลังจากที่ทรงตกลงตามข้อเรียกร้องก็ทรงเดินทางต่อข้ามเทือกเขาพิเรนีสและทรงผ่านราชอาณาจักรนาวาร์ไปถึงราชอาณาจักรคาสตีลก่อนปลายเดือนมกราคม ค.ศ. 1200

พระเจ้าอัลฟองโซที่ 8 แห่งคาสตีล และ เอเลนอร์แห่งอังกฤษ พระราชินีแห่งกัสติยา มีพระราชธิดาสองพระองค์ เออร์ราชา (Urraca) และ บลานซ์ พระราชินีอาลีเยนอร์ทรงเลือกบลานซ์พระธิดาองค์เล็ก และประทับอยู่ที่คาสตีลสองเดือนก่อนที่จะเดินทางข้ามเทือกเขาพิเรนีสกลับ เมื่อมาถึงบอร์โดซ์ก็ทรงฉลองอีสเตอร์ จากบอร์โดซ์เมอร์คาดิเยร์นายทหารรับจ้างผู้มีชื่อเสียงผู้เคยรับใช้พระเจ้าริชาร์ดมาก่อนก็มาร่วมเดินทางเพื่อทำการคุ้มครองขบวนขึ้นเหนือ แต่พอวันที่สองของสัปดาห์อีสเตอร์เมอร์คาดิเยร์ก็ถูกสังหารโดยคนของแบรนแดง (Brandin)[12] ผู้เป็นศัตรูของเมอร์คาดิเยร์เอง เหตุการณ์นี้ทำให้ทรงเหนื่อยและล้าพระทัยและไม่ทรงสามารถเดินทางต่อไปยังนอร์มังดีได้ จากนั้นก็ทรงเดินทางอย่างสบายๆ ในบริเวณลุ่มแม่น้ำลัวร์ พอมาถึงบอร์โดซ์พระราชินีอาลีเยนอร์ก็ฝากบลานซ์ไว้กับอัครบาทหลวงแห่งบอร์โดซ์ผู้รับช่วงในการคุ้มครองต่อ แล้วพระราชินีอาลีเยนอร์ก็เสด็จไปอารามฟองเทวฟรอด์ เมื่อต้นฤดูร้อนอาลีเยนอร์ก็ล้มป่วย พระเจ้าจอห์นเสด็จมาเยี่ยม

เมื่อสงครามระหว่างพระเจ้าจอห์นกับพระเจ้าฟิลิปปะทุขึ้นอีก พระราชินีอาลีเยนอร์ก็ทรงประกาศสนับสนุนพระโอรส และทรงเดินทางจากอารามฟองเทวฟรอด์ไปปัวตีเยเพื่อป้องกันมิให้พระนัดดาอาร์เธอร์ที่ 1 ดยุกแห่งบริตานีผู้เป็นศัตรูของพระเจ้าจอห์นเข้าครอบครอง เมื่อทราบว่าพระราชินีอาลีเยนอร์จะเสด็จมาดยุกอาร์เธอร์ก็ดักจับอาลีเยนอร์ที่ปราสาทมิราโบ พอพระเจ้าจอห์นได้รับข่าวก็ทรงรีบเดินทัพมาทางใต้ มาถึงก็ทรงโจมตีและจับตัวดยุกอาร์เธอร์ได้ พระราชินีอาลีเยนอร์จึงเสด็จกลับอารามฟองเทวฟรอด์ เมื่อกลับไปถึงก็ทรงรับศีลเป็นชี พระราชินีอาลีเยนอร์สิ้นพระชนม์เมื่อปี ค.ศ. 1204 พระศพอยู่ที่แอบบีเคียงข้างกับพระสวามีพระเจ้าเฮนรีที่ 2และพระโอรสพระเจ้าริชาร์ดที่ 1 อนุสรณ์ของพระองค์เป็นพระรูปที่กำลังทรงอ่านคัมภีร์ไบเบิลประดับด้วยเครื่องตกแต่งอย่างงดงาม