ปัจจัยทางกายเหตุจิตและปัจจัยทางประชานเป็นเรื่องสำคัญเมื่อประเมินคนไข้ที่มีอาหารไม่ย่อยแบบเรื้อรังสมมติฐานทางจิตเวชอ้างว่า อาการอาจมีเหตุจากความซึมเศร้า ความวิตกกังวลที่เพิ่มขึ้น หรือความผิดปกติทางกายเหตุจิต (somatization disorder)งานศึกษาทางวิทยาการระบาดแสดงว่า อาหารไม่ย่อยโดยหน้าที่สัมพันธ์กับความผิดปกติทางจิตโดยอาการต่าง ๆ รวมทั้ง neurosis[upper-alpha 3], ความวิตกกังวล, โรคคิดว่าตนป่วย, และโรคซึมเศร้าจะสามัญในบรรดาคนไข้ที่กำลังตรวจปัญหาทางเดินอาหารที่ไม่ทราบสาเหตุมากกว่าในกลุ่มควบคุมที่ปกติการเปรียบเทียบโรคโดยหน้าที่และโรคกายได้แสดงว่า คนไข้ที่มีโรคโดยหน้าที่จะมีโอกาสลดความวิตกกังวลน้อยกว่า เมื่อติดตามที่ปีหนึ่งหลังจากหมอให้ความมั่นใจแล้วว่า ไม่ใช่โรคหนักอะไรซึ่งแสดงนัยว่า เทียบกับโรคกาย อาหารไม่ย่อยโดยหน้าที่อาจคงยืนเป็นเวลานาน และสัมพันธ์กับอารมณ์อย่างมีกำลัง[25]