ในปี ค.ศ. 1244 พ่อครัวของกษัตริย์สองคนถูกจับกุมตัวในข้อหาวางยากษัตริย์แห่งฝรั่งเศส ในการสอบปากคำทั้งคู่สารภาพว่าได้รับการว่าจ้างจากอีซาแบล พระนางจึงหนีไปบวชที่วิหารฟงเตฟรู สองปีต่อมาด้วยความเป็นห่วงบุตรธิดาทั้งเก้าจากการสมรสครั้งที่สอง พระนางจึงเขียนจดหมายถึงกษัตริย์ฝรั่งเศสขอให้ลูกๆ ได้สืบทอดทรัพย์สินที่ดินในฝรั่งเศส

อีซาแบลสิ้นพระชนม์ในวันที่ 4 มิถุนายน หรือไม่ก็ 31 พฤษภาคม ค.ศ. 1246 ร่างของพระนางถูกฝังในสุสานนอกวิหารตามคำขอของพระนางเพื่อแสดงถึงการสำนึกบาป อูก เดอ ลุยซีนญ็อง สามีคนที่สองของพระนางเสียชีวิตในอีกสามปีต่อมาในสงครามครูเสด อูกที่ 11 แห่งลุยซีนญ็องได้สืบทอดตำแหน่งเป็นเคานต์แห่งลา มาร์ชและเคานต์แห่งอ็องกูแลมในปี ค.ศ. 1249 เมื่อมองไม่เห็นหนทางในบ้านเกิด บุตรของอีซาแบลกับอูกส่วนใหญ่ได้เดินทางออกจากฝรั่งเศสไปหาที่ยืนในราชสำนักของพระเจ้าเฮนรีที่ 3 พี่ชายต่างมารดาที่ให้การต้อนรับเป็นอย่างดี

หลายปีต่อมาพระเจ้าเฮนรีที่ 3 แห่งอังกฤษได้ไปเยือนฟงเตฟรูและตกใจเป็นอย่างยิ่งเมื่อทราบว่าพระมารดาของพระองค์ถูกฝังอยู่นอกวิหาร กษัตริย์แห่งอังกฤษสั่งให้ย้ายร่างของพระมารดามาไว้ในวิหาร ร่างของอีซาแบลถูกฝังใหม่เคียงข้างพระเจ้าเฮนรีที่ 2 แห่งอังกฤษและอาลีเยนอร์แห่งอากีแตน พระราชบิดามารดาของพระสวามีคนแรกของพระนาง กษัตริย์แห่งอังกฤษยังได้ว่าจ้างให้ทำรูปแกะสลักไม้เหนือหลุมฝังศพเป็นรูปพระนางในเครื่องแต่งกายแบบพระราชินี ไม่ใช่แม่ชี