อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะช้าง มีความหลากหลายของพืชพรรณมาก ส่วนใหญ่เป็น ป่าดงดิบชื้น เป็นป่าที่ค่อนข้างห่างจากชายฝั่ง พืชพรรณธรรมชาติส่วนใหญ่เป็นไม้สกุลพลอง สารภีป่า และไม้ในสกุลหว้า ขึ้นปนอยู่ประปราย. พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ ยางนา กระบาก ตะเคียนทอง ทะโล้ พญาไม้ เปล้า หลาวชะโอน เต่าร้าง หวาย เตยย่าน กล้วยไม้ ไผ่ เร่ว กระวาน ฯลฯ มีที่ราบตามชายฝั่งทะเลในบริเวณหมู่บ้านสลักเพชร หมู่บ้านสลักคอก หมู่บ้านคลองสน และอ่าวคลองพร้าว พืชพรรณธรรมชาติที่พบเป็น ป่าชายหาด ลักษณะเป็นป่าโปร่งมีพรรณไม้ขึ้นอยู่ไม่กี่ชนิด เช่น หูกวาง สารภีทะเล เมา เสม็ด เตยทะเล เป็นต้น. ตามชายฝั่งที่เป็นดินเลนบริเวณอ่าวและปากคลองลำธารต่าง ๆ จะพบ ป่าชายเลน พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ โกงกางใบใหญ่ โกงกางใบเล็ก โปรงขาว แสม พังกาหัวสุม ถั่วดำ แสม ตะบูน ปอทะเล และตีนเป็ดทะเล และ ป่าพรุ เป็นสังคมพืชที่เกิดขึ้นบริเวณที่มีน้ำขังตลอดปี บริเวณอ่าวสลักคอกและอ่าวสลักเพชร พันธุ์ไม้ที่พบได้แก่ เหงือกปลาหมอ และกก เป็นต้น