จนถึงปัจจุบันก็ยังคงมีการโต้เถียงกันถึงผู้ที่ก่อวินาศกรรมรางรถถไฟสายแมนจูเรียดังกล่าว มีหลักฐานยืนยันอย่างหนักแน่นว่าเป็นฝีมือของนายทหารหนุ่มแห่งกองทัพควันตงซึ่งได้มีการสมรู้ร่วมคิดกัน แม้ว่าจะได้รับหรือไม่ได้รับคำสั่งจากโตเกียวก็ตาม ขณะที่ทหารบางนายของกองทัพญี่ปุ่นปฏิเสธที่จะเป็นผู้วางระเบิด พันตรี Tadashi Hanaya ผู้ซึ่งเป็นผู้ช่วยของ Itagaki Seishiro ในขณะนั้นได้สารภาพและยอมรับว่าเป็นผู้วางระเบิดจริง และเหตุการณ์ทั้งหมดเป็นการจัดฉากของฝ่ายญี่ปุ่น ในช่วงหลังสงครามได้มีการสืบสวนในเรื่องดังกล่าวได้พบว่าระเบิดดั้งเดิมของฝ่ายญี่ปุ่นนั้นไม่ทำงานและจำเป็นต้องวางระเบิดอีกลูกหนึ่ง ซึ่งทำให้เกิดผลที่ตามมา คือ กองทัพควันตงได้ประสบความสำเร็จในการวางระเบิด และรุกรานแมนจูเรีย รวมไปถึงการก่อตั้งแมนจูกัวขึ้นเป็นรัฐบาลหุ่นเชิด

"พิพิธภัณฑ์นิทรรศการเหตุการณ์ 9.18" ที่เมืองเสิ่นหยาง โดยเป็นของสาธารณรัฐประชาชนจีน ได้บอกว่าฝ่ายญี่ปุ่นเป็นฝ่ายวางระเบิด แต่ว่าที่พิพิธภัณฑ์ Yushukan ของญี่ปุ่น ซึ่งตั้งอยู่ใกล้กับ Yasukuni Shrine ในกรุงโตเกียวได้โทษว่าฝ่ายจีนเป็นฝ่ายวางระเบิด

หนังสือเรื่อง Japan's Imperial Conspiracy (1971) ของนายเดวิด เบอร์กามินิได้บรรยายถึงรายละเอียดของทั้งฝ่ายจีนและฝ่ายญี่ปุ่นตลอดช่วงเวลาของกรณีมุกเดน เขาได้สรุปว่าการเข้าใจผิดครั้งใหญ่หลวงว่ากรณีมุกเดนเกิดขึ้นจากแผนการของนายทหารหนุ่มอารมณ์ร้อนแห่งกองทัพญี่ปุ่น โดยไม่ได้รับคำสั่งมาจากกรุงโตเกียว เขาได้บอกว่า จักรพรรดิฮิโรฮิโตเองที่ทรงอนุมัติแผนการดังกล่าวด้วยพระองค์เอง อย่างไรก็ตาม นักประวัติศาสตร์ เจมส์ เวลแลนด์ได้สรุปว่านายทหารอาวุโสได้ปล่อยให้มีการปฏิบัติการภาคสนามได้ด้วยกองกำลังของตนเอง และอนุมัติแผนการดังกล่าวในภายหลัง[8]

ในเดือนสิงหาคม 2006 หนังสือพิมพ์ชื่อดังของญี่ปุ่น Yomiuri Shimbun ได้ตีพืมพ์ผลงานวิจัยเป็นเวลาหนึ่งปี โดยตั้งคคำถามว่าผู้ใดเป็นผู้รับผิดชอบต่อสงครามโชวะ โดยมีการพาดพึงถึงกรณีมุกเดนอยู่ด้วย ซึ่งเนื้อหาได้กล่าวโจมตีนายทหารของญี่ปุ่นและนักการเมืองในขณะนั้นที่เป็นผู้อยู่เบื้องหลัง[9][10]

เหยื่อจำนวนมากและลูกหลานได้ผลักดันให้รัฐบาลจีนประกาศให้วันที่ 18 กันยายนของทุกปีเป็น "วันเลวทรามแห่งชาติ" (อังกฤษ: National Humiliation Day) รัฐบาลจีนยังได้เปิด "พิพิธภัณฑ์นิทรรศการเหตุการณ์ 9.18" เมื่อวันที่ 18 กันยายน 1991 โดยบุคคลสำคัญที่ได้มาเยี่ยมชมพิพิธภัณฑ์แห่งนี้ คือ นายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น Ryutaro Hashimoto ในปี 1997

การโต้แย้งกันยังรวมไปถึงประเด็นการจัดการปัญหาดังกล่าวของสันนิบาตชาติ และรายงานของ Lytton ในภายหลัง นาย เอ.เจ.พี. เทย์เลอร์ ได้เขียนว่า "ในการเผชิญหน้ากับความท้าทายอันตึงเครียดครั้งแรก" สันนิบาตก็โค้งงอและยอมจำนน ถึงแม้ว่าสหราชอาณาจักรจะมีอำนาจอยู่ในภาคพื้นตะวันออกไกลอยู่ก็ตาม แต่ว่าไม่สามารถลงมือตอบโต้อะไรได้มาก เพียงแต่มีการ "ลงโทษตามศีลธรรมจรรยาเท่านั้น"[11]