แต่เดิม เมืองนี้มีชื่อในภาษาญี่ปุ่นว่า เคียว (京) และ มิยาโกะ (都) หรือบางครั้งก็เรียกรวมว่า เคียวโนะมิยาโกะ (京の都)ต่อมาในศตวรรษที่ 11 เปลี่ยนชื่อเป็น เกียวโต (มีความหมายว่า เมืองหลวง) ตามคำของภาษาจีนของเมืองหลวงที่อ่านว่า จุงตู (京都)[3] แต่หลังจากที่เมืองเอโดะเปลี่ยนชื่อเป็นโตเกียว (มีความหมายว่า "เมืองหลวงตะวันออก") ในปี ค.ศ. 1868 เมืองเกียวโตก็เปลี่ยนชื่อเป็น ไซเกียว (西京 มีความหมายว่า "เมืองหลวงตะวันตก") เป็นเวลาสั้น ๆ ก่อนจะเปลี่ยนกลับมาเป็น เกียวโต ในเวลาต่อมา