เกียวโตเป็นสถานที่ตั้งของสถาบันระดับอุดมศึกษา 37 แห่ง นับเป็นศูนย์กลางทางการศึกษาที่สำคัญแห่งหนึ่งของญี่ปุ่น โดยมีมหาวิทยาลัยเกียวโตเป็นหนึ่งในมหาวิทยาลัยชั้นนำของประเทศและของโลก และยังมีสถาบันเทคโนโลยีเกียวโตเป็นอีกหนึ่งมหาวิทยาลัยที่มีชื่อเสียงในญี่ปุ่น มีชื่อเสียงในสาขาสถาปัตยกรรมศาสตร์และการออกแบบ นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยโดชิชะและมหาวิทยาลัยริตสึเมกังก็เป็นมหาวิทยาลัยเอกชนที่มีชื่อเสียงในแถบเคฮันชิงเช่นกัน