ใน พ.ศ. 2540 รัฐบาลกัมพูชาได้เริ่มดำเนินการที่จะดำเนินคดีกับผู้นำเขมรแดงในข้อหาฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ แต่กระบวนการเกิดขึ้นช้า ซึ่งรัฐบาลกล่าวว่าเป็นเพราะเศรษฐกิจไม่ดีและชาดแคลนเงินทุน หลายประเทศได้ให้เงินสนับสนุนรวมทั้งอินเดียและญี่ปุ่น แต่จนเดือนมกราคม พ.ศ. 2549 เงินทุนก็ยังไม่เพียงพอ ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2549 ศาลสูงของกัมพูชาได้ตัดสินว่าผู้นำเขมรแดง 30 คนมีความผิด และสหประชาชาติเสนอให้ดำเนินคดีกับผู้ที่ยังมีชีวิตอยู่

ใน พ.ศ. 2550 นายเอียง ซารีและนางเขียว ธิริธภรรยา ถูกจำคุกที่ศาลนานาชาติกรุงพนมเปญตามคำสั่งของสมเด็จ ฮุน เซนนายกรัฐมนตรีและส่วนนั้นยังไม่มีผู้รายงานมาดำเนินคดี มีเพียงเหลือแต่เขียว สัมพัน อายุ 75 ปี และคัง เค็ค เอียว หรือ สหายดุช อดีตหัวหน้าเรีอนจำตวนสเลง เท่านั้น ที่จะดำเนินคดีล้างเผ่าพันธุ์ชาวเขมร กัง เก็ก เอียวหรือสหายดุจ อดีตผู้ควบคุมคุกตวลแซลงถูกดำเนินคดีเมื่อ 17 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552 ในคดีฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ชาวกัมพูชากว่า 1.7 ล้านคน