หลังจากที่ตัวพฟุงสท์เองเกิดความชำนาญในการแสดงความสามารถของแฮนส์และรู้แล้วด้วยว่า อะไรเป็นสัญญาณที่บอกคำตอบให้แก่ม้าเขาก็ได้พบว่า เขาเองก็ยังส่งสัญญาณให้กับม้าโดยไม่ได้ตั้งใจ ซึ่งไม่ได้ขึ้นอยู่กับว่า เขาต้องการจะส่งสัญญาณหรือไม่การเข้าใจถึงปรากฏการณ์เยี่ยงนี้ ได้มีอิทธิพลอย่างสูงส่งต่อการออกแบบการทดลองและระเบียบวิธีวิจัย ในงานทดลองทุกอย่างที่ผู้รับการทดลองเป็นสัตว์ที่สามารถรับรู้ รวมทั้งมนุษย์เอง

ความเสี่ยงต่อปรากฏการณ์เคลฟเวอร์แฮนส์ เป็นเหตุผลอย่างหนึ่งที่นักจิตวิทยาเปรียบเทียบ (comparative psychology) ต้องทดสอบกับสัตว์ที่อยู่ในสถานที่ที่แยกออกเป็นสัดส่วน เพื่อไม่ให้เกิดการปฏิสัมพันธ์กับสัตว์แต่ว่า แม้วิธีนี้เองก็ทำให้เกิดปัญหาอย่างอื่น เพราะว่า ปรากฏการณ์เกี่ยวกับประชานของสัตว์ที่น่าสนใจที่สุด มักจะมีการแสดงออกในสถานการณ์ที่มีความเกี่ยวข้องกับกันและกันและเพื่อที่จะแสดงปรากฏการณ์เหล่านั้น มีความจำเป็นที่จะต้องสร้างความสัมพันธ์ระหว่างผู้ฝึกกับสัตว์ประเด็นนี้ได้รับการสนับสนุนจากไอรีน เพปเพอร์เบิร์ก ผู้ได้ทำการศึกษาเกี่ยวกับนกแก้วฉลาดชื่อว่าอะเล็กซ์[5]และบีทริกซ์ การ์ดเนอร์ผู้ทำการศึกษาในลิงชิมแปนซีชื่อว่า วาชู[6]

ดังนั้น ถ้าหากว่าจะให้มีการยอมรับการศึกษาสัตว์เช่นนี้อย่างทั่วไปก็จะต้องหาวิธีทดสอบความสามารถของสัตว์ โดยไม่ให้มีอิทธิพลจากปรากฏการณ์เคลฟเวอร์แฮนส์แต่ว่า เพียงแค่นำผู้ฝึกออกจากวงจรอาจจะไม่ใช่วิธีที่เหมาะสมเพราะว่า ถ้าความสัมพันธ์ระหว่างผู้ฝึกกับสัตว์นั้นมีกำลังการนำผู้ฝึกออกจากวงจรอาจก่อให้เกิดปฏิกิริยาทางจิตใจ ทำให้สัตว์นั้นไม่สามารถแสดงความสามารถได้ดังนั้น จึงจำเป็นต้องแสวงหาวิธีที่คนที่อยู่ร่วมกับสัตว์จะไม่รู้ล่วงหน้าว่า ปฏิกิริยาของสัตว์ต่อข้อทดสอบนั้นควรจะเป็นอย่างไร (เทียบกับสมมุติฐานที่เป็นประเด็นทดสอบ)

ปรากฏการณ์นี้ก็พบด้วยในสุนัขค้นหายาเสพติดในปี ค.ศ. 2011 นักวิจัยที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เดวิส พบว่า ผู้ฝึกสุนัขสามารถส่งสัญญาณโดยไม่ตั้งใจให้สุนัขได้ ทำให้สุนัขแสดงการพบยาเสพติดที่ผิดพลาด[7] ในงานศึกษาปี ค.ศ. 2004 กับสุนัขที่ชื่อว่าริโก ที่เจ้าของบอกว่าเข้าใจศัพท์คำพูดถึง 200 คำนักวิจัยป้องกันปรากฏการณ์เคลฟเวอร์แฮนส์ โดยให้เจ้าของสั่งริโกให้ไปเอาของจากห้องที่อยู่ติดกันแต่เพราะอยู่ในห้องคนละห้อง เจ้าของจึงไม่สามารถแสดงปฏิกิริยาให้ริโกเห็นเมื่อกำลังเลือกคาบเอาของที่สั่ง

ดังที่งานทดลองสุดท้ายของพฟุงสท์ทำให้ชัดเจน ปรากฏการณ์นี้สามารถเกิดได้แม้ในงานทดลองที่มีมนุษย์เป็นประเด็นการทดลอง เหมือนกับงานทดลองในสัตว์ดังนั้น นักวิจัยในประเด็นเกี่ยวกับประชาน จิตวิทยาประชาน และจิตวิทยาสังคมต้องออกแบบงานทดลองให้เป็นแบบ double-blindซึ่งหมายความว่า ทั้งผู้ทดลองและผู้รับการทดลองจะไม่รู้ถึงสภาพของผู้รับการทดลอง (คือไม่รู้ว่าผู้รับการทดลองอยู่ในกลุ่มการทดลองไหน)และดังนั้นก็จะไม่รู้คำพยากรณ์ของทฤษฎีการศึกษาว่า ผู้รับการทดลองจะมีปฏิกิริยาเป็นอย่างไรอีกวิธีหนึ่งที่ใช้ป้องกันปรากฏการณ์นี้ก็คือ การแทนผู้ทำการทดลองด้วยคอมพิวเตอร์ซึ่งสามารถสื่อคำสั่งและบันทึกปฏิกิริยาต่าง ๆ โดยไม่ส่งสัญญาณเป็นตัวช่วยให้กับผู้รับการทดลอง