เนื่องจากมีประชาชนเป็นจำนวนมากสนใจในเรื่องของเคลฟเวอร์แฮนส์ สำนักงานการศึกษาเยอรมันได้ตั้งคณะกรรมการขึ้นเพื่อตรวจสอบข้ออ้างของนายฟอน ออสเทินตามแนวทางวิทยาศาสตร์ในเบื้องต้น นักปรัชญาและนักจิตวิทยาคาร์ล ชตุมพฟ์ เป็นหัวหน้าของคณะกรรมการ 13 คนที่เรียกว่า คณะกรรมการแฮนส์ (อังกฤษ: Hans Commission)คณะกรรมการชุดนี้ประกอบด้วยสัตว์แพทย์ ผู้จัดการคณะละครสัตว์ นายทหารม้า ครูจำนวนหนึ่ง และผู้อำนวยการสวนสัตว์ของกรุงเบอร์ลิน ในเดือนกันยายน ค.ศ. 1904 คณะกรรมการได้สรุปว่า ไม่ปรากฏว่ามีเล่ห์กลใด ๆ ในการแสดงของแฮนส์[2] (คือสรุปว่าแฮนส์ดูเหมือนจะมีความสามารถอย่างที่แสดงจริง ๆ)

ต่อมา คณะกรรมการได้มอบหมายการตรวจสอบให้กับนายพฟุงสท์ ผู้เริ่มตรวจสอบหลักฐานความสามารถขของแฮนส์โดยมีกลวิธีคือ

1. แยกม้าและคนถามคำถามออกจากคนดู เพื่อป้องกันไม่ให้ได้คำตอบมาจากคนดู
2. ใช้คนถามคำถามคนอื่นนอกเหนือไปจากเจ้าของ
3. ใช้ที่ปิดตาม้าในแนวมุมต่าง ๆ เพื่อดูว่าม้าสามารถเห็นคนถามคำถามหรือไม่
4. ใช้คำถามทั้งที่คนถามคำถามรู้คำตอบและไม่รู้คำตอบ

โดยผ่านการทดสอบเป็นจำนวนมาก พฟุงสท์พบว่า แฮนส์สามารถตอบคำถามได้อย่างถูกต้องแม้ว่าตัวนายฟอน ออสเทินเองจะไม่ได้เป็นคนถาม ซึ่งแสดงว่าไม่ใช่เป็นการหลอกลวงแต่ว่า แฮนส์สามารถจะตอบคำถามได้ก็ต่อเมื่อผู้ถามรู้คำตอบและแฮนส์สามารถมองเห็นผู้ถามได้คือ พฟุงสท์พบว่า เมื่อนายตัวฟอน ออสเทินเองรู้คำตอบ แฮนส์จะตอบคำถามได้อย่างถูกต้องถึงร้อยละ 89 แต่เมื่อไม่รู้ แฮนส์จะตอบถูกเพียงแค่ร้อยละ 6

จากนั้น พฟุงสท์จึงดำเนินการตรวจสอบพฤติกรรมของผู้ถามอย่างละเอียดแล้วพบว่า เมื่อม้ากำลังเคาะกีบเท้าเป็นจำนวนใกล้ถึงคำตอบลักษณะท่าทางและสีหน้าของผู้ถามคำถามจะเปลี่ยนไปตามความตื่นเต้นที่มีเพิ่มขึ้นซึ่งจะหมดสิ้นไปโดยทันทีที่ม้าเคาะกีบเท้าเป็นครั้งสุดท้ายที่แสดงคำตอบที่ถูกต้องนี่เป็นตัวช่วยให้ม้ารู้ว่าเมื่อไรควรจะหยุดเคาะกีบเท้าความสามารถในการสังเกตการณ์ของม้านั้นอาจอธิบายได้ว่า อาจเป็นไปได้ ที่การสื่อสารระหว่างพวกม้าต้องอาศัยการตรวจจับลักษณะท่าทางของกันและกันที่เปลี่ยนแปลงไปเพียงแค่เล็กน้อยซึ่งทำให้อธิบายได้ว่า ทำไมแฮนส์จึงสามารถได้คำตอบจากนายฟอน ออสเทิน ทั้งสัญญาณที่ฟอน ออสเทินให้จะไม่ได้ตั้งใจ

หลังจากนั้น พฟุงสท์ก็ทำการทดลองในห้องแล็บกับมนุษย์ โดยที่ตัวเองมีบทบาทแทนม้าพฟุงสท์ให้ผู้ร่วมการทดลองยืนอยู่ทางด้านขวาแล้วให้คิดถึงตัวเลขตัวหนึ่งหรือปัญหาคณิตอย่างหนึ่ง "โดยตั้งสมาธิไว้ให้มั่น" แล้วพฟุงสท์ก็จะเคาะบอกคำตอบใช้มือข้างขวาเขาสังเกตเห็นว่า บ่อยครั้ง ผู้ร่วมการทดลองมีการ "เชิดศีรษะขึ้นเล็กน้อยอย่างทันทีทันใด" เมื่อเขาเคาะถึงจำนวนที่ถูกต้องและพบว่า ท่าทางหลังจากการเชิดศีรษะนี้ จะตรงกับท่าทางก่อนที่ผู้ร่วมการทดลองจะเริ่มการทดลอง[4]

ทั้งตัวนายฟอน ออสเทินเองและตัวนายพฟุงสท์เองมักมีอารมณ์ร้าย และมักจะโมโหเมื่อม้าตอบได้ไม่ดีในระหว่างที่ทำการทดลองกับม้า ตัวนายพฟุงสท์ถูกม้ากัดไม่ใช่เพียงแค่ครั้งเดียว[3]

แม้หลังจากการเปิดโปงความจริงอย่างเป็นทางการ นายฟอน ออสเทินก็ยังไม่ยอมรับผลงานของพฟุงสท์และได้ดำเนินการแสดงม้าไปในที่ต่าง ๆ ในเยอรมนี ซึ่งได้ทั้งความสนใจและความฮือฮาจากประชาชนเป็นจำนวนมาก[2]